pspline(TurboNorm)
pspline()所属R语言包:TurboNorm
Function for two-colour microarray data normalization using the P-splines
两色的基因芯片数据使用的P-样条标准化的功能
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Wrapper function for two colour microarray data normalization using the P-spline smoother suitable for a RGList- or MarrayRaw-objects.
两种颜色的芯片数据标准化的包装功能的P-样条平滑合适的RGList或MarrayRaw对象。
用法----------Usage----------
pspline(object, background = c("none", "substract"), weights = NULL,
nintervals = 100, subset=NULL, showArrays = 0, verbose=FALSE,
参数----------Arguments----------
参数:object
either a RGList or an MarrayRaw-object.
无论是RGList或一个MarrayRaw对象。
参数:background
for background substraction use 'substract'. Default is no backgroud substraction.
背景减法使用“减去”。默认是没有视野下的减法。
参数:weights
vector of weights that will be used a for a weighted normalization. The default NULL assumse equal weight 1 for all data points.
将用于为加权标准化1的权重向量。默认NULL的assumse同等重量1所有数据点。
参数:nintervals
number of bins in which the data will be divided. The default is 100 bins.
其中的数据将被划分箱。默认是100箱。
参数:showArrays
either a integer( > 0) or a vector of integers indicating the arrays for which a MA-plot will be produced.
无论是整数(> 0)或向量表示为一麻地会产生阵列的整数。
参数:subset
subset of the data on which the normalization will be based. A special case of weighted normalization.
标准化将根据数据的子集。加权标准化的一个特例。
参数:verbose
if TRUE gives additional information on the fit </table>
如果TRUE提供适合</ TABLE>其他信息
参数:line.col, line.lty, line.lwd
line colour, type and width that will be used in the plots, defaults are col=2, lty=1 and lwd=2.
线的颜色,类型和宽度,将在图使用,默认是COL = 2,LTY = 1和LWD = 2的的。
参数:...
additional graphical arguments for plotting.
额外的绘图图形的参数。
Details
详情----------Details----------
if necessary?
如果有必要吗?
值----------Value----------
The value that will be returned is either a MAList or MarrayNorm-object dependening on the input type.
将返回值是一个MAList或输入类型MarrayNorm对象dependening的。
作者(S)----------Author(s)----------
Chantal van Leeuwen and Maarten van Iterson
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
normalizeWithinArrays, maNormMain
normalizeWithinArrays, maNormMain
举例----------Examples----------
library(marray)
data(swirl)
x <- pspline(swirl, showArrays=2, pch=20, col="grey")
x <- pspline(swirl, showArrays=2:4, line.col="green")
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