tspcalc(tspair)
tspcalc()所属R语言包：tspair
Estimate top scoring pairs from a gene expression matrix
从基因表达矩阵估计得分最高的对
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function calculates the pair of genes that show the maximum difference in ranking between two user specified groups. The "top scoring pair" (TSP) maximizes the average of sensitivity and specificity over all rank based classifiers using a pair of genes in the data set.
此函数计算一双的基因，这表明在两个用户之间的指定组排名的最大区别。 “得分最高的一对”（TSP），最大的平均灵敏度和特异性对所有使用数据集的一对基因为基础的分类排名。
用法----------Usage----------
tspcalc(dat,grp)
参数----------Arguments----------
参数：dat
Can take two values: (a) an m genes by n arrays matrix of expression data or (b) an eSet object
可以取两个值：（一）由n阵列的M基因表达数据矩阵或（b）ESET对象
参数：grp
Can take one of two values: (a) A group indicator in character or numeric form, (b) an integer indicating the column of pData(dat) to use as the group indicator.
可以采取两个值之一：（一）在字符或数字形式的组指标，（二）一个整数，指示列的PDATA（DAT）使用组指标。
Details
详情----------Details----------
tspcalc only works for two group classification. The computation time grows rapidly in the number of genes, so for large gene expression matrices one should be prepared to wait or do a pre-filtering step. The top scoring pairs methodology was originally described in Geman et al. (2004) and the unique TSP idea was described in Tan et al. (2005).
tspcalc仅适用于两个组分类。计算时间的基因数量在迅速增长，如此大的基因表达矩阵应准备等待或做预过滤步骤。对得分最高的方法最初是在杰曼等。 （2004年）和Tan等独特的TSP的想法被描述。 （2005年）。
值----------Value----------
A tsp object with elements:
一个元素茶匙对象：
参数：index
A two-column matrix where each row is a pair of indices from the data matrix achieving the top score
一个两列的矩阵，每一行是一个指数从数据矩阵对实现最高得分
参数：tspscore
The rank based score described in Geman et al. (2004), essentially the empirical average of sensitivity and specificity for the pair.
该排名基于得分杰曼等。 （2004年），本质上是对经验的平均灵敏度和特异性。
参数：score
The tie-breaking score described in Tan et al. (2005).
Tan等人描述决胜得分。 （2005年）。
参数：grp
The binary group indicator.
二元组指标。
参数：tspdat
Row i and row (i + Number of total TSPs) of this data matrix represent the expression data for the ith TSP pair.
i行和行（I +总茶匙）此数据矩阵表示为第i个TSP对表达数据。
参数：labels
The group labels for the two groups as defined by the grp variable.
组两组的标签由GRP变量的定义。
作者（S）----------Author(s)----------
Jeffrey T. Leek <a href="mailto:jtleek@jhu.edu">jtleek@jhu.edu</a>
参考文献----------References----------
Statist. Appl. in Genetics and Molecular Biology, 3, 2004.
profiles," Bioinformatics, 21: 3896-3904, 2005.
参见----------See Also----------
tspplot, ts.pair, tspsig,predict.tsp, summary.tsp
tspplot，ts.pair，tspsig，predict.tsp，summary.tsp
举例----------Examples----------
## Not run: [＃无法运行：]
## Load data[＃将数据]
data(tspdata)
## Run tspcalc() on a data matrix and grp vector[＃运行数据矩阵和向量GRP tspcalc（）]
tsp1 <- tspcalc(dat,grp)
tsp1$index
## Run tspcalc() on an expression set and a column of the pData matrix[＃表达式集和PDATA矩阵的列上运行tspcalc（）]
tsp2 <- tspcalc(eSet1,1)
tsp2$index
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
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发表于 2012-2-26 15:47:26
