R语言 trigger包 trigger.mlink-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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trigger.mlink-methods(trigger)
trigger.mlink-methods()所属R语言包：trigger

                                        Multi-Locus Linkage (Epistasis) Analysis
                                         多位点连锁分析（上位）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Multi-locus linkage (epistasis) analysis.
多位点连锁分析（上位）。


用法----------Usage----------


  ## S4 method for signature 'trigger'
trigger.mlink(triggerobj, prob.cut = 0.9,
        gender = NULL, idx = NULL, B = 5, seed = 123)



参数----------Arguments----------

参数：triggerobj
An object of class trigger.
对象类trigger。


参数：prob.cut
Probability threshold for primary linkage.
小学联动的概率阈值。


参数：gender
Optional. When computing linkage statistics involving markers on sex chromosome, gender of each sample should be specified.
可选的。当计算涉及性染色体，gender每个样品应指定标记的连锁统计。


参数：idx
The indices for genes to be computed for multi-locus linkage.
基因指数计算多轨迹联动。


参数：B
The number of null iterations to perform.
空迭代执行。


参数：seed
Optional. A numeric seed for reproducible results.
可选的。一个数字的种子可重复性的结果。


Details

详情----------Details----------

When data set is large, one can the option idx to select a subset of genes in each computation and parallel-computes the genome-wide multi-locus linkage. Since the function computes the linkage probability by borrowing information across genes, at least more than 100 genes should be selected in applying this function. If idx=NULL, all the genes in the input data will be computed for multi-locus linkage.  
当数据集很大，可以选项idx选择基因的一个子集，在每个计算和并行计算的全基因组多点联动。由于该功能计算借款基因之间的信息的联动概率，至少超过100个基因，应选择在应用此功能。如果idx=NULL，输入数据中的所有基因，将计算多点联动。

The current version of the function could only compute two-locus joint linkage (epistasis).  
当前版本的功能，只能计算两个位点的联合联动（上位）。


值----------Value----------

An updated object of class trigger containing a slot trigger.mlink with fields:
类的一个更新的对象trigger包含插槽trigger.mlink字段：


参数：qtl
The major and secondary QTLs for each selected gene.
为每个选定的基因主要和次要的QTL。


参数：prob
The posterior probability of linkage for major QTL, secondary QTL, and the joint posterior probability of multi-locus linkage.  
主效QTL，QTL的二次联动，联合后验概率的多轨迹联动的后验概率。


参数：qvalue
Q-value estimates for joint multi-locus linkage probabilities.
多位点联合联动概率Q值估计。

Use slot(triggerobj, "mlink") to retrieve the list.
使用slot(triggerobj, "mlink")检索列表。


作者（S）----------Author(s)----------



Lin S. Chen <a href="mailto:lschen.stat@gmail.com">lschen.stat@gmail.com</a>, Dipen P. Sangurdekar <a href="mailto:dps@genomics.princeton.edu">dps@genomics.princeton.edu</a> and John D. Storey <a href="mailto:jstorey@princeton.edu">jstorey@princeton.edu</a>




参考文献----------References----------




参见----------See Also----------

trigger.link and plot
trigger.link and plot


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
        data(yeast)
    attach(yeast)
        triggerobj <- trigger.build(marker = marker,exp = exp,
            marker.pos = marker.pos, exp.pos = exp.pos)
        ## Genome-wide multiple locus linkage analysis[＃全基因组的多个位点连锁分析]
        triggerobj <- trigger.mlink(triggerobj, B = 10, idx = NULL, seed = 123)
  
        plot(triggerobj, type = "trigger.mlink", qcut=0.1, bin.size=NULL)
        mlink = slot(triggerobj, "trigger.mlink")
        detach(yeast)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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