R语言 trigger包 trigger.link-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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trigger.link-methods(trigger)
trigger.link-methods()所属R语言包：trigger

                                        Genomewide eQTL analysis
                                         基因组eQTL分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A method of class trigger for genomewide Expression-trait QTL analysis. This function estimates the linkage statistic and parametric p-value for each gene expression to every locus in the genome.
一类trigger全基因组表达性状的QTL分析方法。估计此功能的联动统计和参数为每个基因表达的P-值的每一个基因组中的轨迹。


用法----------Usage----------


  ## S4 method for signature 'trigger'
trigger.link(triggerobj, gender = NULL, norm = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：triggerobj
An object of class trigger.
对象类trigger。


参数：gender
Optional. When computing linkage statistics involving markers on sex chromosome, gender of each sample should be specified.
可选的。当计算涉及性染色体，gender每个样品应指定标记的连锁统计。


参数：norm
Logical. If TRUE, each row of expression matrix exp in the triggerobj will be transformed to follow a standard normal distribution, based on the rank of value.
逻辑。如果TRUE，每行表达矩阵exp在triggerobj将被改造要遵循一个标准的正态分布，基于价值排名。


值----------Value----------

An updated object of class trigger containing slots:
一个更新的对象类trigger包含插槽：


参数：stat
A matrix of pair-wise likelihood ratio statistics for linkage analysis, with genes in rows and markers in columns.
一个成对似然比统计，行和列标记基因连锁分析的矩阵。


参数：pvalue
A matrix of parametric pvalues corresponding to statistics in the stat matrix.
一个矩阵的参数pvalues对应stat矩阵统计。

Use slot(triggerobj, "stat") and slot(triggerobj, "pvalue") to retrieve the values.
使用slot(triggerobj, "stat")和slot(triggerobj, "pvalue")检索价值观。


作者（S）----------Author(s)----------



Lin S. Chen <a href="mailto:lschen.stat@gmail.com">lschen.stat@gmail.com</a>, Dipen P. Sangurdekar <a href="mailto:dps@genomics.princeton.edu">dps@genomics.princeton.edu</a> and John D. Storey <a href="mailto:jstorey@princeton.edu">jstorey@princeton.edu</a>




参见----------See Also----------

plot and trigger.mlink
plot and trigger.mlink


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
  data(yeast)
  attach(yeast)
  triggerobj <- trigger.build(marker = marker, exp = exp,
                                marker.pos = marker.pos, exp.pos = exp.pos)
  triggerobj <- trigger.link(triggerobj, gender = NULL, norm = TRUE)
  plot(triggerobj,type = "link", cutoff = 1e-5)
  stat = slot(triggerobj, "stat"); pvalue = slot(triggerobj, "pvalue")
  detach(yeast)


## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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