R语言 trigger包 trigger.eigenR2-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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trigger.eigenR2-methods(trigger)
trigger.eigenR2-methods()所属R语言包：trigger

                                        Estimate the proportion of genome-wide variation explained by each eQTL
                                         估计全基因组变异的比例解释每个eQTL

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Estimate eqtl-R2, the proportion of genome-wide variation explained by each eQTL and identify linkage hotspots.
估计每个eQTL解释eqtl-R2全基因组变异的比例，并确定联动热点。


用法----------Usage----------


        ## S4 method for signature 'trigger'
trigger.eigenR2(triggerobj, adjust = FALSE, meanR2 = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：triggerobj
An object of class trigger.
对象类trigger。


参数：adjust
Logical. If TRUE, the estimated R-square for each locus will be adjusted for small sample size effect. Recommend to use when sample size is less than 100.
逻辑。如果TRUE，每个座位的R平方估计将被调整为小样本的规模效应。建议使用时，样本大小小于100。


参数：meanR2
Logical. If TRUE, the function computes the mean of R-squares of genome-wide gene expression for each locus.
逻辑。如果TRUE，函数计算的全基因组基因表达的R-平方每个座位的平均。


值----------Value----------

An updated object of class trigger with a slot loc.obj containing the proportion of genome-wide variation explained by each observed locus (eQTL). Use slot(triggerobj, "eigenR2") to retrieve the eqtl-R2 values as a vector.
类的一个更新的对象trigger插槽loc.obj包含全基因组变异的比例，由每个观察到的轨迹（eQTL）解释。使用slot(triggerobj, "eigenR2")检索作为向量的eqtl的R2值。


作者（S）----------Author(s)----------



Lin S. Chen <a href="mailto:lschen.stat@gmail.com">lschen.stat@gmail.com</a>, Dipen P. Sangurdekar <a href="mailto:dps@genomics.princeton.edu">dps@genomics.princeton.edu</a> and John D. Storey <a href="mailto:jstorey@princeton.edu">jstorey@princeton.edu</a>




参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

plot
plot


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
  data(yeast)
  attach(yeast)
  triggerobj <- trigger.build(marker = marker, exp = exp,
                        marker.pos = marker.pos, exp.pos = exp.pos)
  triggerobj <- trigger.eigenR2(triggerobj, adjust = FALSE)
  plot(triggerobj, type = "eigenR2")
  eqtlR2 <- slot(triggerobj, "eigenR2")
  detach(yeast)


## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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