trigger-class(trigger)
trigger-class()所属R语言包：trigger
A class to store and analyze data for Transcriptional Regulation Inference from Genetics of Gene ExpRession
A类遗传的基因表达转录调控推理的数据存储和分析
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
trigger is a class of objects to store and analyze data for Integrative Genomic Analysis. Use trigger.build to generate new objects of the class from input data.
trigger是一类对象，结合基因组分析，存储和分析数据。使用trigger.build生成新的对象类从输入数据。
Details
详情----------Details----------
The positions in marker.pos and exp.pos matrix should be in the same units (e.g., base pair, kb, or cM).
职位marker.pos和exp.pos矩阵应该是在同一个单位（例如，碱基对，KB，或厘米）。
值----------Value----------
An object of S4 class trigger containing the marker genotype matrix (a matrix of 1,2 for haploid genotypes, or 1,2,3 for diploid genotypes), expression matrix, marker position matrix and gene/trait position matrix with ordered coordinates in respective slots. Use slot(objectname, varname) to retrieve individual variables from the object . Use print to see the first 10 rows and columns of the expression and marker matrix.
S4类trigger包含标记基因型矩阵（矩阵的单倍体基因型，或二倍体基因型1,2,3 1,2），表达矩阵，标记位置矩阵和基因/性状的位置矩阵的对象下令各自的插槽中的坐标。使用slot(objectname, varname)检索对象从单个变量。使用print看到第10行和列的表达和标记矩阵。
插槽----------Slots----------
exp: A numeric matrix with m rows and n columns, containing the gene expression (or intermediate trait) data.
exp：m行n列数字矩阵，含有该基因的表达（或中间性状）的数据。
exp.pos: A matrix with m rows and 3 columns containing the chromosome number, gene start and gene end for all the genes in the gene expression matrix. The rows of exp.pos should match those of exp.
exp.pos：m行，3列包含的染色体数目，基因启动基因表达矩阵中的所有基因和基因年底的矩阵。 exp.pos行应符合exp。
marker: A matrix with p rows and n columns, containing genotyping information.
marker：与p行n列的矩阵，包含的基因分型资料。
marker.pos: A matrix with p rows and 2 columns containing the chromosome number and SNP position for all the genes in the gene expression matrix. The rows of exp.pos should match those of exp.
marker.pos：矩阵与p行和2列包含的染色体数目和SNP基因表达矩阵中的所有基因的位置的。 exp.pos行应符合exp。
stat: A matrix of pair-wise likelihood ratio statistics for linkage analysis, with genes in rows and markers in columns.
stat：对行和列标记基因的连锁分析，明智的可能性比统计的矩阵。
pvalue: A matrix of parametric pvalues corresponding to statistics in the stat matrix.
pvalue：一个stat矩阵统计相应的参数pvalues矩阵。
mlink: A list containing the results of Multi-locus linkage analysis. See trigger.mlink for details.
mlink：一个列表，其中包含多位点连锁分析的结果。看到trigger.mlink详情。
eqtl.R2: A vector containing the proportion of genome-wide variation explained by each observed locus (eQTL).See trigger.eigenR2 for details.
eqtl.R2：一个向量，包含全基因组变异的比例解释每个观察到的轨迹（eQTL）详情trigger.eigenR2。
loc.obj: A list containing the results of local-linkage probability estimation. See trigger.loclink for details.
loc.obj：一个列表，其中包含本地联动的概率估计的结果。看到trigger.loclink详情。
作者（S）----------Author(s)----------
Lin S. Chen <a href="mailto:lschen.stat@gmail.com">lschen.stat@gmail.com</a>, Dipen P. Sangurdekar <a href="mailto:dps@genomics.princeton.edu">dps@genomics.princeton.edu</a> and John D. Storey <a href="mailto:jstorey@princeton.edu">jstorey@princeton.edu</a>
参见----------See Also----------
trigger.build, trigger.link, trigger.mlink, trigger.eigenR2, trigger.net and trigger.trait
trigger.build，trigger.link，trigger.mlink，trigger.eigenR2，trigger.net和trigger.trait
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发表于 2012-2-26 15:45:09
