R语言 trigger包 plot()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plot(trigger)
plot()所属R语言包：trigger

                                        Graphical Display of Trigger Analysis
                                         图形显示的触发分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Graphical display of genomewide linkage map, multi-locus linkage or eQTL variation
基因组图谱，多轨迹联动或eQTL变化的图形显示


用法----------Usage----------


        ## S4 method for signature 'trigger'
plot(x,type = c("link", "mlink", "eqtl"),
                                cutoff  = 3.3e-4, qcut = 0.1, bin.size = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：x
triggerobj </table>
triggerobj </ TABLE>


参数：type
An argument describing the type of plot. Select from link (default) for genome-wide linkage map, eqtl.R2 for graphical display of eQTL-R^2 contribution or mlink for display of genome-wide epistasis effect.
参数描述的图类型。 link（默认）选择全基因组图谱，eqtl.R2的eQTL-R ^ 2贡献或图形显示mlink显示的全基因组的上位性效应。


参数：cutoff
Threshold value for link. The measures below the threshold are called significant and are plotted.  
link阈值。被称为显着低于阈值的措施，并绘制。


参数：qcut
Q-value threshold for mlink. The joint multi-locus linkage probabilities with q-values below the threshold are called significant and are plotted.  
Q值mlink阈值。联合Q值低于阈值的多轨迹联动的概率被称为显着的绘制。


参数：bin.size
Optional for mlink. If not NULL, each chromosome will be divided into several bins, each with size bin.size. Markers within a bin will be considered as at a same position.  
mlink可选。如果没有NULL，每个染色体将被分为几个垃圾箱，每个大小bin.size。在相同的位置将被视为在垃圾箱的标记。


作者（S）----------Author(s)----------



Lin S. Chen <a href="mailto:lschen.stat@gmail.com">lschen.stat@gmail.com</a>, Dipen P. Sangurdekar <a href="mailto:dps@genomics.princeton.edu">dps@genomics.princeton.edu</a> and John D. Storey <a href="mailto:jstorey@princeton.edu">jstorey@princeton.edu</a>




参见----------See Also----------

trigger.link, trigger.mlink and trigger.eigenR2
trigger.link，trigger.mlink和trigger.eigenR2


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
  
  data(yeast)
  attach(yeast)
  triggerobj <- trigger.build(marker=marker, exp=exp,
                                marker.pos=marker.pos, exp.pos=exp.pos)
  triggerobj <- trigger.link(triggerobj, gender=NULL, norm=TRUE)
  plot(triggerobj,type = "link", cutoff=1e-5)
  triggerobj <- trigger.eigenR2(triggerobj, adjust=FALSE)
  plot(triggerobj, type = "eigenR2")
  triggerobj<- trigger.mlink(triggerobj, B=5, seed=123)
  plot(triggerobj, qcut=0.1, bin.size=NULL)
  
  detach(yeast)


## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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