printGraph-methods(topGO)
printGraph-methods()所属R语言包：topGO
Visualisation functions
可视化功能
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Functions to plot the subgraphs induced by the most significant GO terms
绘制最显着的诱导子图的功能GO术语
用法----------Usage----------
showSigOfNodes(GOdata, termsP.value, firstSigNodes = 10, reverse = TRUE,
sigForAll = TRUE, wantedNodes = NULL, putWN = TRUE,
putCL = 0, type = NULL, showEdges = TRUE, swPlot = TRUE,
useFullNames = TRUE, oldSigNodes = NULL, useInfo = c("none", "pval", "counts", "def", "np", "all")[1],
plotFunction = GOplot, .NO.CHAR = 20)
printGraph(object, result, firstSigNodes, refResult, ...)
参数----------Arguments----------
参数：object
an object of class topGOdata.
对象类topGOdata。
参数：GOdata
an object of class topGOdata.
对象类topGOdata。
参数：result
an object of class topGOresult.
对象类topGOresult。
参数：firstSigNodes
the number of top scoring GO terms which ....
得分最高的数目去计算这....
参数：refResult
an object of class topGOresult.
对象类topGOresult。
参数：termsP.value
named vector of p-values.
名为P-值的向量。
参数：reverse
the direction of the edges.
边的方向。
参数：sigForAll
if TRUE the score/p-value of all nodes in the DAG is shown, otherwise only the score for the sigNodes
如果TRUE得分/ DAG中的所有节点p值显示，否则只能得分sigNodes
参数：wantedNodes
the nodes that we want to find, we will plot this nodes with a different color. The vector contains the names of the nodes
我们要查找的节点，我们会用不同的颜色绘制这个节点。该向量包含的节点的名称
参数：putWN
the graph is generated with using the firstSigNodes and the wantedNodes.
图表生成与使用的firstSigNodes和的wantedNodes的。
参数：putCL
we generate the graph from the nodes given by all previous parameters, plus their children. if putCL = 1 than only the children are added, if putCL = n we get the nodes form the next n levels.
我们从以前所有的参数，加上他们的子女由于节点生成的图。如果putCL = 1不仅仅是增加孩子们，如果putCL = n我们得到的节点形成未来的n级。
参数：type
used for ploting pie charts
使用的作图饼图
参数：showEdges
if TRUE the edge are shown
如果TRUE的边缘显示
参数：swPlot
if true the graph is ploted, if not no ploting is done.
如果真图ploted，如果不是没有作图。
参数：useInfo
aditional info to be ploted to each node.
每个节点被ploted aditional信息。
参数：oldSigNodes
used to plot the (new) sigNodes in the same collor range as the old ones
用于绘制在同一科洛尔范围（新）sigNodes的旧
参数：useFullNames
argument for internal use ..
内部使用的参数......
参数：plotFunction
argument for internal use ..
内部使用的参数......
参数：.NO.CHAR
argument for internal use ..
内部使用的参数......
参数：...
Extra arguments for printGraph can be:
printGraph可以额外的参数：
fn.prefix character string giving the file name prefix.
fn.prefix字符串文件名前缀。
useInfo as in showSigOfNodes function.
useInfoshowSigOfNodes功能。
pdfSW logical attribute switch between PDF or PS formats.
pdfSWPDF或PS格式之间的逻辑属性开关。
Details
详情----------Details----------
There are two functions available. The showSigOfNodes will plot the induced subgraph to the current graphic device. The printGraph is a warping function for showSigOfNodes and will save the resulting graph into a PDF or PS file.
有两个功能。 showSigOfNodes将绘制的诱导子到当前的图形设备。 printGraph是showSigOfNodes，并保存成PDF或PS文件生成的图形变形功能。
In the plots, the significant nodes are represented as rectangles. The plotted graph is the upper induced graph generated by these significant nodes.
在图，重要节点表示为矩形。绘制的图形上引起这些重要节点图。
作者（S）----------Author(s)----------
Adrian Alexa
参见----------See Also----------
groupStats-class, getSigGroups-methods
groupStats-class，getSigGroups-methods
举例----------Examples----------
## Not run: [＃无法运行：]
data(GOdata)
data(results.tGO)
showSigOfNodes(GOdata, score(resultFisher), firstSigNodes = 5, useInfo = 'all')
printGraph(GOdata, resultFisher, firstSigNodes = 5, fn.prefix = "sampleFile", useInfo = "all", pdfSW = TRUE)
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 15:44:29
