segnf(tilingArray)
segnf()所属R语言包:tilingArray
Example of a segmentation output object
例如,分割输出对象
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Example of a segmentation output object
例如,分割输出对象
用法----------Usage----------
data(segnf)
Details
详情----------Details----------
segnf is an environment which contains two segmentation object for the "+" and "-" strand of yeast chromosome one. Each segmentation object contains the tiling array expression profiling between condition YPE and YPD, 3 replicates each. The raw array data are normalized, mapped to the yeast genome and segmented using the segChrom function. The object is the output of segChom with some small modification. Only a small region (35000bp-50000bp) is included in this data
segnf是一个环境,其中包含两个“+”和分割对象“ - ”酵母染色体一链。每个分割对象包含YPE条件和的YPD平铺阵列之间基因表达谱,3次重复每个。原始的数组数据标准化,映射到酵母基因组和分段使用segChrom功能的。对象是一些小的修改的segChom的输出。包括在这个数据只是一个很小的区域(35000bp-50000bp)
作者(S)----------Author(s)----------
Zhenyu Xu <zhenyu@ebi.ac.uk>
举例----------Examples----------
data(segnf)
data(gffSub)
nmLabel = colnames(segnf$"1.+"@y)
plotAlongChrom(segnf,chr=1, coord=c(35000,50000),what="heatmap",
gff=gffSub,rowNamesHeatmap=nmLabel)
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