R语言 tilingArray包 readCel2eSet()函数中文帮助文档(中英文对照)

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readCel2eSet(tilingArray)
readCel2eSet()所属R语言包：tilingArray

                                        Read celfiles into an ExpressionSet object.
                                         读入ExpressionSet对象celfiles。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is a wrapper for ReadAffy that returns an ExpressionSet object rather than an  AffyBatch. This is particularly usefiles for arrays for which we have or need no CDF environment.
这是一个包装ReadAffy返回一个ExpressionSet对象，而不是一个AffyBatch。“这是我们或不需要民防环境的数组，特别是usefiles。


用法----------Usage----------


readCel2eSet(filename, adf, path=".", rotated=FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：filename
Character vector with CEL file names. Either filename or adf need to be specified, but not both.
CEL的文件名与特征向量。要么filename或adf需要，但不能同时指定。


参数：adf
Object of class AnnotatedDataFrame.
对象类AnnotatedDataFrame。


参数：path
Character scalar with path to CEL files.
CEL文件的路径字符标。


参数：rotated
Logical scalar, see details.
逻辑标量，看到的细节。


参数：...
Further arguments that are passed on to new("ExpressionSet").
进一步传递new("ExpressionSet")的论据。


Details

详情----------Details----------

The rotate options allows to deal with different versions of the scanner software. Older versions rotated the image by 90 degrees, newer ones do not. Use the default rotated=FALSE for CEL files produced by the newer version.
rotate选项允许处理扫描仪软件的不同版本。旧版本的图像旋转90度，较新的不要。使用默认CEL文件制作新的版本rotated=FALSE。


值----------Value----------

ExpressionSet object.
ExpressionSet对象。


作者（S）----------Author(s)----------


W. Huber



举例----------Examples----------


## To test the rotation, look at the scatterplot between two DNA hybes[＃为了测试旋转，看看两个DNA hybes之间的散点图]
## that were measured with scanner software that rotated (041120) and did[＃进行测量，旋转（041120）和扫描仪软件]
## not rotate (060125)[＃不能旋转（060125）]
##[＃]
## cp /ebi/research/huber/Projects/tilingArray/Celfiles/041120_S96genDNA_re-hybe.cel.gz ~/p/tmp[＃CP / ebi/research/huber/Projects/tilingArray/Celfiles/041120_S96genDNA_re-hybe.cel.gz的~/ P / tmp目录]
## cp /ebi/research/huber/Projects/allelicTranscription/celfiles_allelictrans/060125_S96_genomicDNA.zip ~/p/tmp[＃CP / ebi/research/huber/Projects/allelicTranscription/celfiles_allelictrans/060125_S96_genomicDNA.zip的~/ P / tmp目录]
## cd ~/p/tmp[CD＃~/ P / tmp目录]
## gunzip 041120_S96genDNA_re-hybe.cel.gz[＃gunzip解041120_S96genDNA_re-hybe.cel.gz]
## unzip 060125_S96_genomicDNA.zip[＃解压060125_S96_genomicDNA.zip]
##[＃]
## Not run: [＃无法运行：]
library("affy")
options(error=recover)

e1 = readCel2eSet("041120_S96genDNA_re-hybe.cel", rotated=TRUE)
e2 = readCel2eSet("060125_S96_genomicDNA.CEL")

smoothScatter(log(exprs(e1)), log(exprs(e2)), nrpoints=0)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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