R语言 tilingArray包 qcPlots()函数中文帮助文档(中英文对照)

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qcPlots(tilingArray)
qcPlots()所属R语言包：tilingArray

                                        Generate simple diagnostic plots for Affymetrix tiling array data
                                         Affymetrix公司贴砖阵列数据生成简单的诊断图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generate simple diagnostic plots for Affymetrix tiling array data
Affymetrix公司贴砖阵列数据生成简单的诊断图


用法----------Usage----------


qcPlots(x, html=TRUE, plotdir=NULL, probeAnno, gff,
                    chr=4, coord=c(230000,245000),
                      nr = 2560, nc = 2560,
                    ylimchrom=c(5,16), nucleicAcid, pmindex, pgm=TRUE,
                    ext=".cel", ranks=FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
ExpressionSet containing the data to be plotted.
ExpressionSet包含要绘制的数据。


参数：html
logical scalar.  If TRUE an html summary page  'qcsummary.htm' is generated.  If FALSE, no summary page is generated.
逻辑标量。如果TRUEHTML摘要页qcsummary.htm产生。如果FALSE，没有摘要页面会产生。


参数：plotdir
optional character string specifying the filepath where the plots will be saved.  Defaults to current working directory.
可选的字符串指定所在的图将被保存的文件路径。默认为当前工作目录。


参数：probeAnno
environment with probe annotations. See package davidTiling for an example (?probeAnno).
环境探针注释。见例如（probeAnno）davidTiling包。


参数：gff
data frame with genome annotation from the GFF file.  
从GFF文件与基因组注释的数据框。


参数：chr
integer of length 1 indicating the chromosome number to plot.
长度指示的染色体数目积1的整数。


参数：coord
integer vector of length 2 containing the start and end coordinates (in bases) for the along chromosome intensity plot.
长度为2的整数向量的起点和终点坐标（碱基）沿染色体强度图。


参数：nr
integer, indicating the number of probes in each row on the array (2560 for yeast tiling arrays).
整数，表示在每一行的探针阵列（平铺数组酵母2560）。


参数：nc
integer, indicating the number of probes in each column on the array (2560 for yeast tiling arrays).
整数，表示在每一列的阵列探针（平铺阵列酵母2560）。


参数：ylimchrom
numeric vector containing the y limits of the along chromosome intensity plot.
数字向量的沿染色体强度，图的Y限制。


参数：nucleicAcid
character vector or factor indicating what sample has been hybridised to each array. Used to color the boxplots and smoothed histograms of intensities.
特征向量或因素，说明样品已hybridised每个阵列。用于颜色的盒状图和平滑直方图的强度。


参数：pmindex
integer vector of indices of PM probes in x.  If missing, this information is extracted from probeAnno.
x下午探针指数的整数向量。如果丢失，这个信息是从probeAnno提取。


参数：pgm
logical scalar.  If TRUE, image plots will be saved as .pgm files.  Otherwise (FALSE), they are converted to jpegs. On windows machines, this argument should be set to TRUE.
逻辑标量。如果TRUE，影像图将被保存为。PGM文件。否则（FALSE），他们转换到JPEG文件。 Windows机器上，这种说法应设置TRUE。


参数：ext
character string indicating the file extension.
字符串显示文件扩展名。


参数：ranks
logical scalar.  If TRUE, imageplots will show ranks of standardised probe intensities.  Otherwise (FALSE, default), the standardised probe intensities are plotted.
逻辑标量。如果TRUE，imageplots会显示标准化的探针强度行列。否则（FALSE，默认），标准化的探针强度绘制。


参数：...
further arguments that can be passed to the plotting function plotSegmentationDots.
进一步的参数，可以传递给绘图功能plotSegmentationDots。


Details

详情----------Details----------

This function creates boxplots, smoothed histogram (density) plots, imageplots and  along chromosome plots of the raw (log base 2) probe intensity data.
这个函数创建的盒状图，平滑直方图（密度）图，imageplots和沿原料（登录碱基2）探针强度数据的染色体图。

An html page called 'qcsummary.htm' which displays the results, is created when html=TRUE.
一个称为“qcsummary.htm结果显示，HTML页面时创建html=TRUE。

Imageplots of standardised intensities (i.e. (probe intensity - minimum probe intensity) divided by the difference between the maximum and minimum probe intensities, all on log base 2 scale) or the ranks of these standardised intensities are plotted depending on the ranks argument.
根据ranks绘制标准化强度imageplots  - 或这些标准强度的行列（即（探针强度最低探针强度）的最大和最小的探针强度，所有log碱基2规模之间的差异分为）参数。

The individual plots are named by replacing the file extension (specified by ext) of each 'celfile.ext', with 'density.png' for smoothed histogram plots, 'gencoord.jpg', for along chromosome plots and either 'log.pgm' ('log.jpg' if pgm=FALSE) or 'rank.pgm' ('rank.jpg' if pgm=FALSE) for the imageplots, depending on the ranks argument.
个别图被命名为文件扩展名的每个celfile.ext（ext指定）取代，“density.png平滑直方图图，的”gencoord.jpg“，沿染色体的图，要么“log.pgm”（“log.jpg如果pgm=FALSE）或”rank.pgm（如果pgm=FALSErank.jpg）为imageplots的，这取决于ranks参数。


作者（S）----------Author(s)----------


Matt Ritchie <ritchie@ebi.ac.uk> and Wolfgang Huber <huber@ebi.ac.uk>



举例----------Examples----------


## data(davidTiling)[＃数据（davidTiling的）]
## data(probeAnno)[＃数据（probeAnno的）]
## qcPlots(davidTiling, probeAnno)[＃qcPlots（davidTiling，probeAnno）]

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。