R语言 TEQC包 insert.size.hist()函数中文帮助文档(中英文对照)

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insert.size.hist(TEQC)
insert.size.hist()所属R语言包：TEQC

                                        Insert sizes histogram
                                         插入体积直方图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Computes read pair insert sizes, i.e. distance from first base of first read
计算读对插入片段大小，即距离从第一次读到的第一碱基


用法----------Usage----------


insert.size.hist(readpairs, returnInserts = FALSE, legendpos="topleft", main, xlab, ylab, breaks, col, ...)



参数----------Arguments----------

参数：readpairs
RangedData table containing positions of read pairs, i.e. output of reads2pairs (or the element readpairs from the reads2pairs output in case single reads without matching pair were found).
RangedData表，其中包含读对的位置，即reads2pairs（或元素readpairsreads2pairs输出的情况下的单不匹配，对读取被发现）输出。


参数：returnInserts
if TRUE, the vector of read pair insert sizes is returned
如果TRUE，读对插入片段大小的向量返回


参数：legendpos
position of the legend, e.g. 'topleft' or 'topright'
传说中的位置，例如“左上”或“topright”


参数：main
plot title
图标题


参数：xlab, ylab
x- and y-axis labels
x和y轴的标签


参数：breaks
e.g. integer specifying the number of cells for the histogram, see ?hist
例如整数，指定直方图单元的数量，看到?hist


参数：col
histogram color
直方图的颜色


参数：...
further graphical parameters passed to hist
进一步的图形参数传递hist


值----------Value----------

Histogram of read pair insert sizes. Average, standard deviation and median insert size are given in the legend and indicated by lines.
读对插入片段大小的直方图。传说中的平均数，标准差和中位数插入大小和线表示。

If returnInserts = TRUE, a named vector of insert sizes is returned.
如果returnInserts = TRUE，命名为向量的插入片段大小返回。


作者（S）----------Author(s)----------


Manuela Hummel <a href="mailto:manuela.hummel@crg.es">manuela.hummel@crg.es</a>



参见----------See Also----------

get.reads, reads2pairs, duplicates.barplot
get.reads，reads2pairs，duplicates.barplot


举例----------Examples----------


## get reads[＃得到读取]
exptPath <- system.file("extdata", package="TEQC")
readsfile <- file.path(exptPath, "ExampleSet_Reads.bed")
reads <- get.reads(readsfile, idcol=4, skip=0)

## merge to read pairs[＃合并读双]
readpairs <- reads2pairs(reads)

## insert size histogram[＃插入大小的直方图]
insert.size.hist(readpairs, breaks=10)

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