R语言 TEQC包 get.baits()函数中文帮助文档(中英文对照)

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get.baits(TEQC)
get.baits()所属R语言包：TEQC

                                        Read capture hybridization probe positions
                                         读取捕获杂交探针的位置

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Reads a file containing positions and sequences of the capture hybridization probes
读取一个文件，其中包含位置和捕获杂交探针序列


用法----------Usage----------


get.baits(baitsfile, chrcol = 1, startcol = 2, endcol = 3, seqcol = 4, zerobased = TRUE, sep = "\t", header = TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：baitsfile
name of file giving the positions and sequences of each hybridization probe ("bait")
文件名给每个杂交探针的位置和序列（“诱饵”）


参数：chrcol
in which column in baitsfile there is the chromosome information (chromosome information in the file should be in string format, e.g. "chrX")
列baitsfile有染色体信息（染色体文件中的信息应该是在字符串的格式，如“chrX”）


参数：startcol
in which column there are the starting positions of the baits
其中列有诱饵起始位置


参数：endcol
in which column there are the end positions of the baits
其中列有诱饵结束位置


参数：seqcol
in which column there are the sequences of the baits
其中列有诱饵序列


参数：zerobased
if TRUE, start coordinates in baitsfile are assumed to be 0-based and are then converted to 1-based system by adding 1. If FALSE, coordinates are not shifted. In this case they should already be 1-based in baitsfile.
如果TRUE，开始在坐标baitsfile假设是基于0，然后加入1 1系统转换。如果FALSE，坐标不转向。在这种情况下，他们应该已经在baitsfile1为基础。


参数：sep
column separator character, defaults to tabs
列分隔符，默认为制表符


参数：header
a logical value indicating whether the file contains the names of the variables as its first line; defaults to FALSE
默认为FALSE逻辑值指示是否该文件包含的变量的名称作为其第一线;


参数：...
further arguments passed to read.delim
通过进一步的论据read.delim


Details

详情----------Details----------

The baitsfile containing positions and sequences of hybridization probes has to be created beforehand, in many cases manually. (The function was made like this in order to keep things as general and platform independent as possible.) E.g. with baits designed by Agilent's eArray tool, the baitsfile can be created by merging the files
baitsfile包含的立场和杂交探针序列在许多情况下，手动，事先创建。 （这样的功能，为了保持作为一般的和独立的平台，尽可能的事情。）例如安捷伦的eArray工具设计的诱饵，baitsfile可以创建合并的文件


值----------Value----------

A RangedData table holding the hybridization probe
一个RangedData表控股杂交探针


作者（S）----------Author(s)----------


Manuela Hummel <a href="mailto:manuela.hummel@crg.es">manuela.hummel@crg.es</a>



参见----------See Also----------

get.reads, get.targets
get.reads，get.targets


举例----------Examples----------


exptPath <- system.file("extdata", package="TEQC")
baitsfile <- file.path(exptPath, "ExampleSet_Baits.txt")
baits <- get.baits(baitsfile, chrcol=3, startcol=4, endcol=5, seqcol=2)

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