R语言 TEQC包 coverage.plot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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coverage.plot(TEQC)
coverage.plot()所属R语言包：TEQC

                                        Coverage versus base position plot
                                         覆盖与基础地位的图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Line plot of per-base coverages along a genomic region. Position of target regions can be shown.
沿基因组区域的每个碱基的覆盖线图。可以显示目标区域的位置。


用法----------Usage----------


coverage.plot(coverageAll, targets, chr, Start, End, Offset = 0, add = FALSE, col.line = 1, col.target = "orange", col.offset = "yellow", xlab, ylab, ylim, ...)



参数----------Arguments----------

参数：coverageAll
RleList containing Rle vectors of per-base coverages for each chromosome, i.e. coverageAll output from coverage.target
RleList含Rle每个碱基覆盖每个染色体，即coverageAll输出的向量从coverage.target


参数：targets
optional; RangedData table containing positions of target regions, i.e. output from get.targets; if missing no genomic regions are highlighted
可选;RangedData表，其中包含目标区域的位置，即输出get.targets;如果缺少任何基因组区域，突出


参数：chr
on which chromosome the region to plot is located (string, e.g. "chr1")
位于染色体图区域（字符串，如“chr1”）


参数：Start
genomic position where to start the plot
基因组的位置开始的图


参数：End
genomic position where to end the plot
基因组的位置结束的图


参数：Offset
integer; highlight Offset bases on both sides of each targeted region; defaults to 0
整数;亮点Offset碱基对每个目标区域的两侧;默认为0


参数：add
if TRUE, the coverage line of a new sample is added to an already existing plot
如果TRUE，一个新的样本覆盖行添加到一个已经存在的图


参数：col.line
color of the coverage line
颜色的覆盖面线


参数：col.target
color of the bar indicating target regions
栏的颜色指示的目标区域


参数：col.offset
color for highlighting Offset on the sides of target regions
颜色突出Offset的目标，双方的区域


参数：xlab, ylab
x- and y-axis labels
x和y轴的标签


参数：ylim
y-axis coordinate ranges
Y轴坐标范围


参数：...
further graphical parameters, passed to plot
进一步的图形参数，传递plot的


Details

详情----------Details----------

If coverage of a new sample is added to an existing plot with add = TRUE, parameters chr, Start, End still have to be specified and should be the same as in the previous call in order to make sense. Parameters targets and Offset can but do not have to be given again. They can also differ from the previous ones, if for the additional sample
如果一个新的样本的覆盖面将被添加到现有的图以add = TRUE，参数chr，Start，End还是要指定，应该是在同一个以前的调用，以使感。参数targets和Offset可以，但不要有再次给予。他们也不同于以往，如果额外的样品


值----------Value----------

Line plot showing per-base read coverages for a specified genomic region. When positions of target regions are provided, a bar on the bottom indicates their location
线图显示一个指定的基因组区域的每个碱基的阅读覆盖。提供目标区域的位置时，在底部栏显示自己的位置


作者（S）----------Author(s)----------


Manuela Hummel <a href="mailto:manuela.hummel@crg.es">manuela.hummel@crg.es</a>



参见----------See Also----------

coverage.target, make.wigfiles, covered.k,
coverage.target，make.wigfiles，covered.k


举例----------Examples----------


## get reads and targets[＃得到读取和目标]
exptPath <- system.file("extdata", package="TEQC")
readsfile <- file.path(exptPath, "ExampleSet_Reads.bed")
reads <- get.reads(readsfile, idcol=4, skip=0)
targetsfile <- file.path(exptPath, "ExampleSet_Targets.bed")
targets <- get.targets(targetsfile, skip=0)

## calculate per-base coverages[＃计算每个碱基覆盖]
Coverage <- coverage.target(reads, targets, perBase=TRUE)

## coverage plot[＃覆盖图的]
coverage.plot(Coverage$coverageAll, targets, Offset=100, chr="chr1", Start=11157524, End=11158764)

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