R语言 TargetSearch包 quantMatrix()函数中文帮助文档(中英文对照)

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quantMatrix(TargetSearch)
quantMatrix()所属R语言包：TargetSearch

                                        Create an intensity matrix using quantification masses
                                         创建一个强矩阵量化的群众

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Create an intensity matrix using quantification masses. The quantification masses can be specified when importing the library file or by manually setting its values (see example).
创建一个强度矩阵量化的群众。导入的库文件或通过手动设置它的值（见例子）时，可以指定量化群众。


用法----------Usage----------


quantMatrix(Lib, metabProfile, value = "maxint")



参数----------Arguments----------

参数：Lib
A tsLib object created by ImportLibrary function.
一个tsLibImportLibrary函数创建的对象。


参数：metabProfile
A tsProfile object. The final result of the package. This object is generated by either Profile or ProfileCleanUp.
一个tsProfile对象。包的最终结果。这个对象产生任何Profile或ProfileCleanUp。


参数：value
The default method to select automatically the quantification mass, in case it is not given by the user. 'maxint' selects the selective mass with the highest intensity. 'maxobs' selects the most observed mass, i.e., the one with less missing values.
默认的方法的情况下自动选择的量化的质量，它是没有给用户的。 “MAXINT选择具有最高的强度选择性的质量。 “maxobs”选择最观测的质量，即用一个不太缺失值。


值----------Value----------

An intensity matrix with metabolites as rows and samples as columns. The matrix has two attributes: 'quantMass' a numeric vector that contains the quantification masses that were selected; 'isSelMass' a logical vector that indicates whether a quantification mass is also a selected mass.
与强度矩阵的行和列的样品代谢产物。矩阵有两个属性：的“quantMass数字向量，其中包含被选中的量化群众; isSelMass一个逻辑向量，表示是否有量化的质量也是一个选定的质量。


作者（S）----------Author(s)----------


Alvaro Cuadros-Inostroza, Matthew Hannah, Henning Redestig



参见----------See Also----------

tsLib, tsMSdata
tsLib，tsMSdata


举例----------Examples----------


require(TargetSearchData)
data(TargetSearchData)

# process chormatograms and get a profile[的过程chormatograms和得到一个配置文件]
RI.path    <- file.path(.find.package("TargetSearchData"), "gc-ms-data")
RIpath(sampleDescription) <- RI.path
refLibrary <- ImportLibrary(file.path(RI.path,"library.txt"))
refLibrary    <- medianRILib(sampleDescription, refLibrary)
corRI         <- sampleRI(sampleDescription, refLibrary, r_thres = 0.95)
peakData      <- peakFind(sampleDescription, refLibrary, corRI)
metabProfile  <- Profile(sampleDescription, refLibrary, peakData, r_thres = 0.95)

# show quant Matrix[显示QUANT矩阵]
quantMass(refLibrary)
# no quantMass have been defined yet, so are all zeros[没有quantMass已被定义，所以都是零]
# 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0[0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0]

# get a Matrix using use default values, ie, select the masses[使用使用默认值，得到一个矩阵，即选择群众]
# with the highest intensity [强度最高]
quantMat <- quantMatrix(refLibrary, metabProfile)
quantMat

# set the quantification Masses[设置量化群众]
quantMass(refLibrary)[1:3] <- c(89,86,100)
quantMat <- quantMatrix(refLibrary, metabProfile)
quantMat


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