R语言 TargetSearch包 plotRIdev()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotRIdev(TargetSearch)
plotRIdev()所属R语言包：TargetSearch

                                         Plot Retention Time Index Deviation
                                         小区保留时间指数偏差

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

plotRIdev plots the Retention Time Index Deviation of a given set of metabolites. plotAllRIdev saves the plots of the RI deviations of all the metabolites in the library object into a PDF file.
plotRIdev图的保留时间，一个给定的代谢产物指数偏差。 plotAllRIdev保存成PDF文件的库对象中的所有代谢产物的RI偏差的图。


用法----------Usage----------


plotRIdev(Lib, peaks, libId = 1)

plotAllRIdev(Lib, peaks, pdfFile, width = 8, height = 8, ...)



参数----------Arguments----------

参数：Lib
A tsLib object created by ImportLibrary function.  
一个tsLibImportLibrary函数创建的对象。


参数：peaks
A tsMSdata object. See peakFind.
一个tsMSdata对象。看到peakFind。


参数：libId
A numeric vector providing the indices of the metabolites to plot.
提供一个数值向量指数积的代谢物。


参数：pdfFile
A file name where the plot will be saved. Only plotAllRIdev.  
图将被保存的文件名。只有plotAllRIdev。


参数：width, height
The width and height of the plots in inches. Only plotAllRIdev.  
英寸的宽度和高度的图。只有plotAllRIdev。


参数：...
Further options passed to pdf.  
进一步的选项，通过pdf。


作者（S）----------Author(s)----------


Alvaro Cuadros-Inostroza, Matthew Hannah, Henning Redestig



参见----------See Also----------

ImportLibrary, tsLib,
ImportLibrary，tsLib


举例----------Examples----------


require(TargetSearchData)
data(TargetSearchData)

# get RI file path[获得国际扶轮文件路径]
RI.path <- file.path(.find.package("TargetSearchData"), "gc-ms-data")
# update RI file path[更新注册机文件路径]
RIpath(sampleDescription) <- RI.path

peakData <- peakFind(sampleDescription, refLibrary, corRI)

# Plot RI deviation of metabolite "Valine"[积的代谢物“缬氨酸”国际扶轮偏差]
grep("Valine", libName(refLibrary)) # answer: 3[答案：3]
plotRIdev(refLibrary, peakData, libId = 3)

# Plot an RI deviation overview of the first nine metabolites[绘制的第9个代谢产物的国际扶轮偏差概述]
plotRIdev(refLibrary, peakData, libId = 1:9)

# Save all RI deviation into a pdf file[保存成PDF文件的所有国际扶轮偏差]
plotAllRIdev(refLibrary, peakData, pdfFile = "RIdeviations.pdf")


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