R语言 TargetSearch包 peakFind()函数中文帮助文档(中英文对照)

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peakFind(TargetSearch)
peakFind()所属R语言包：TargetSearch

                                         Intensities and RI matrices
                                         强度及国际扶轮矩阵

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function returns a list of the intensities and RI matrices that were searched.
这个函数返回一个搜索的强度和RI矩阵列表。


用法----------Usage----------


peakFind(samples, Lib, cor_RI,
    columns = c("SPECTRUM", "RETENTION_TIME_INDEX", "RETENTION_TIME"),
    showProgressBar = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：samples
A tsSample object created by ImportSamples function.  
一个tsSampleImportSamples函数创建的对象。


参数：Lib
A tsLib object created by ImportLibrary function with corrected RI values.        See medianRILib.  
一个tsLibImportLibrary纠正RI值的函数创建的对象。看到medianRILib。


参数：cor_RI
A matrix of correlating selective masses RI for every sample. See sampleRI.  
选择性群众每个样品RI关联矩阵。看到sampleRI。


参数：columns
A numeric vector with the positions of the columns SPECTRUM, RETENTION_TIME_INDEX, and RETENTION_TIME or a character vector with the header names of those columns.
一个数值向量与列的位置SPECTRUM，RETENTION_TIME_INDEX，RETENTION_TIME或与这些列头名的字符向量。


参数：showProgressBar
Logical. Should the progress bar be displayed?
逻辑。应该显示进度条？


值----------Value----------

A tsMSdata object.
一个tsMSdata对象。


作者（S）----------Author(s)----------


Alvaro Cuadros-Inostroza, Matthew Hannah, Henning Redestig



参见----------See Also----------

ImportSamples, ImportLibrary, medianRILib, sampleRI, tsMSdata, tsLib,
ImportSamples，ImportLibrary，medianRILib，sampleRI，tsMSdata，tsLib


举例----------Examples----------


require(TargetSearchData)
data(TargetSearchData)

# get RI file path[获得国际扶轮文件路径]
RI.path <- file.path(.find.package("TargetSearchData"), "gc-ms-data")
refLibrary <- ImportLibrary(file.path(RI.path,"library.txt"))

# update RI file path[更新注册机文件路径]
RIpath(sampleDescription) <- RI.path

peakData <- peakFind(sampleDescription, refLibrary, corRI)
# show peak Intensities. [显示繁忙强。]
head(Intensity(peakData), 2)

# How to get intensities for a particular metabolite[如何获得一个特定的代谢物的强度]
# just select the identifier. Here extract the intensities[只是选择的标识符。在这里提取的强度]
# for the first metabolite in the library[库中的代谢产物]
IntMatrix <- Intensity(peakData)[[1]]


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