R语言 stepNorm包 makeStepList()函数中文帮助文档(中英文对照)

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makeStepList(stepNorm)
makeStepList()所属R语言包：stepNorm

                                        Construction of a stepwise normalization list
                                         建设逐步标准化列表

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function provides a user friendly way to construct a list for input to the function stepWithinNorm. The list indicates intended biases for correction and models for stepwise normalization.
此功能提供了一个用户友好的方式来构建一个输入列表的功能stepWithinNorm。该列表表示拟逐步标准化的校正和模型的偏见。


用法----------Usage----------


  makeStepList(A = c("median", "rlm", "loess"), PT = c("median", "rlm",
"loess"), PL = c("median", "rlm", "loess"), Spatial2D = c("rlm2D",
"loess2D", "aov2D", "spatialMedian"))



参数----------Arguments----------

参数：A
A character string specifying the normalization models for the adjustment of intensity or A bias:     
一个字符串，指定强度或A偏置调整的标准化模型：

median: global median location normalization  
中位数：全球中位数位置标准化

rlm: global intensity or A-dependent robust linear normalization using the rlm function  
RLM：全球的强度或A依赖鲁棒线性标准化使用rlm函数

loess: global intensity or A-dependent robust nonlinear normalization using the loess function     The user can specify any of these three choices and the selected model will be compared based the goodness fit and model parsimony; If the correction of the $A$ bias is not desired, the user can set A = NULL.  
黄土：全球的强度或A依赖强大的非线性标准化使用loess功能，用户可以指定任何这三种选择和比较选定的模型将基于善良的配合和模型简约;如果更正为$ A $偏见的不理想，用户可以设置A = NULL。


参数：PT
A character string specifying the normalization models for the adjustment of print-tip or PT bias:     
一个字符串指定的打印头或PT偏置调整的标准化模型：

median: within-print-tip-group median normalization  
中位数：在打印头组中位数标准化

rlm: within-print-tip-group robust linear normalization using the rlm function  
RLM：内打印头组使用rlm函数的稳健线性标准化

loess: within-print-tip-group robust nonlinear normalization using the loess function  
黄土：在打印头组使用loess功能的强大的非线性标准化

none: no normalization for the PT bias     If the correction of the $PT$ bias is not desired, the user can set PT = NULL.  
无：没有PT偏差如果不希望美元的太平洋美元偏置校正，用户可以设置PT = NULL标准化。


参数：PL
A character string specifying the normalization models for the adjustment of well-plate or PL bias:     
一个字符串指定的调整以及板或PL偏见标准化模型：

median: within-well-plate median normalization  
中位数：内板的中位数标准化

rlm: within-well-plate robust linear normalization using the rlm function  
RLM：内板使用rlm功能强大的线性标准化

loess: within-well-plate robust nonlinear normalization using the loess function  
黄土：在板使用loess功能的强大的非线性标准化

none: no normalization for the PL bias     If the correction of the $PL$ bias is not desired, the user can set PL = NULL.  
无：没有PL偏差如果不希望美元的PL美元偏置校正，用户可以设置PL = NULL标准化。


参数：Spatial2D
A character string specifying the normalization models for the adjustment of spatial 2D bias:     
一个字符串指定的空间2D偏见调整标准化模型：

none: no normalization for the spatial 2D bias  
无没有空间2D偏见的标准化

aov2D: spatial bivariate location normalization using ANOVA  
aov2D：二元空间位置标准化采用方差分析

rlm2D: spatial bivariate location normalization using the rlm function  
二元rlm2D：空间位置使用rlm功能的标准化

loess2D: spatial bivariate location normalization using the loess function  
二元loess2D：空间位置使用loess功能的标准化

spatialMedian: spatial location normalization using a spatial median approach (see Wilson et al. (2003) in reference)     If the correction of the $PL$ bias is not desired, the user can set Spatial2D = NULL.  
spatialMedian空间位置标准化的使用空间中位数的方法（见参考威尔逊等人（2003）。）如果不希望美元的PL美元偏置校正，用户可以设置Spatial2D = NULL。


Details

详情----------Details----------

This function provides a user friendly way to specify the parameter wf.loc for the main stepwise normalization function stepWithinNorm; see examples for details.
此功能提供了一个用户友好的方式来指定参数wf.loc主要的逐步标准化的功能stepWithinNorm;详见例子。


值----------Value----------

An object of class "list" for input to the stepWithinNorm function.
类“名单”输入stepWithinNorm函数的对象。


作者（S）----------Author(s)----------



Yuanyuan Xiao, <a href="mailto:yxiao@itsa.ucsf.edu">yxiao@itsa.ucsf.edu</a>, <br>
Jean Yee Hwa Yang, <a href="mailto:jean@biostat.ucsf.edu">jean@biostat.ucsf.edu</a>




参见----------See Also----------

stepWithinNorm.
stepWithinNorm。


举例----------Examples----------


# Examples use swirl dataset, for description type ? swirl[例子使用漩涡集，描述的类型？漩涡]
data(swirl)

# To use the default parameters, which adjusts A, PT, PL and Spatial2D[使用默认的参数，调整一，PT PL和Spatial2D的]
# biases sequentially and compares all models available, simple type[偏见顺序并比较所有机型，简单类型]

wf.loc <- makeStepList()

# To apply loess for the A bias, and to omit the Spatial2D step[要申请的偏置的黄土，和省略的Spatial2D步骤]
wf.loc <- makeStepList(A=("loess"), Spatial2D=NULL)

# To compare only rlm and loess in the A bias step, and other biases as default[以比较偏置一步，其他为默认偏见的只有RLM和黄土]
wf.loc <- makeStepList(A=c("rlm","loess"))

# input to the stepWithinNorm function[输入的stepWithinNorm功能]
## Not run: [＃无法运行：]
step.swirl1 <- stepWithinNorm(swirl[,1],wf.loc=wf.loc)
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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