R语言 Starr包 profileplot()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

profileplot(Starr)
profileplot()所属R语言包：Starr

                                        Vizualize clusters
                                         Vizualize聚类

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Visualization of a set of “profiles” (i.e. a consecutive series of measurements like a time series, or the DNA binding levels along different positions on a gene). The profiles are given as the rows of a (samples x positions) matrix that contains the measurements. Instead of plotting a line for each profile (row of the matrix), the q-quantiles for each position (column of the matrix) are calculated, where q runs through a set of representative quantiles.  Then for each q, a line of q-quantiles is plotted along the positions. Color coding of the quantile profiles aids the interpretation of the plot: There is a color gradient from the median profile to the 0 (=min) resp. 1(=max) quantile.
可视化的一组“配置文件”（即沿着一个基因上的不同位置连续测量系列就像一个时间序列，或DNA结合水平）。配置文件包含测量（样本x仓）矩阵的行。相反策划为每个配置文件的行（行矩阵），每个位置Q-位数（矩阵列）计算，其中q通过一组代表性位数运行。然后每个Q，Q-位数线绘制沿阵地。颜色编码位数型材有助于解释的图：有0（分钟）RESP是中位数的个人资料从颜色渐变。 （=最大值）1位数。


用法----------Usage----------


profileplot(cluster, label=NULL,        at=NULL, main = "", xlim=NULL, xlab = "", xaxt = "s",xlabels = NULL, las = 1, ylim=NULL, ylab = "", fromto = c(0.05,0.95),colpal = "heat",         nrcolors = 25, outer.col="light grey", add.quartiles = T, add = F, separate = T)



参数----------Arguments----------

参数：cluster
a (samples x columns) matrix with numerical entries. Each sample row is understood as a consecutive series of measurements. Missing values are not allowed so far
（样品的X列）矩阵与数值条目。每个样本行被理解为一系列连续的测量。遗漏值是不允许迄今


参数：label
if multiple clusters should be plotted in one diagram, the cluster labels for each item are given in this vector
如果在一个图中绘制多个聚类应在这个向量，为每个项目的聚类标签


参数：at
optional vector of length ncol(cluster), default = 1:ncol(cluster). Specifies the x-values at which the positions will be plotted.
可选的向量长度NCOL（聚类），默认值= 1：NCOL（聚类）。指定的位置将被绘制的x值。


参数：main
the title of the plot, standard graphics parameter
图，标准的图形参数称号


参数：xlim
xlimits, standard graphics parameter
xlimits，标准图形参数


参数：xlab
x-axis legend, standard graphics parameter
x轴的传说，标准的图形参数


参数：xaxt
should an x axis be plotted at all? (="n" if not), standard graphics parameter
应绘制在X轴？ （“N”如果不是），标准的图形参数


参数：xlabels
character vector. If specified, this text will be added at the “at“-positions as x-axis labels.
特征向量。如果指定，该文本将被添加“在”为x轴标签的位置。


参数：las
direction of the xlabels text. las=1: horizontal text, las=2: vertical text
的xlabels文本的方向。拉斯维加斯= 1：横排文字，拉斯维加斯= 2：垂直文本


参数：ylim
ylimits, standard graphics parameter
ylimits，标准图形参数


参数：ylab
y-axis legend, standard graphics parameter
Y轴传说，标准的图形参数


参数：fromto
determines the smallest and the largest quantile that are plotted in colors, more distant values are plotted as outliers
确定最小和最大的位数，颜色绘制，更遥远的值绘制成离群


参数：colpal
either "red","green","blue" (predefined standard color palettes in profileplot), or a vector of colors to be used instead.
是“红”，“绿色”，“蓝色”（预定在profileplot标准的调色板），或颜色的矢量被用来代替。


参数：nrcolors
not very important. How many colors will the color palette contain? Usually, the default = 25 is sufficient
不是很重要。调色板包含多少种颜色？通常情况下，默认值= 25是足够的


参数：outer.col
color of the outlier lines, default = "light grey". For no outliers, choose outer.col="none"
离群线的颜色，默认=“浅灰色”。对于没有离群，选择outer.col =“没有”


参数：add.quartiles
should the quartile lines be plotted (grey/black)? default=TRUE
应绘制四分线（灰/黑）？默认值= TRUE，


参数：add
should the profile plot be added to the current plot? Defaults to FALSE
剖面图应被添加到当前的图？默认为false


参数：separate
should each cluster, be plotted in a separate window? Defaults to TRUE
每个聚类，绘制在一个单独的窗口？默认为true


作者（S）----------Author(s)----------


Achim Tresch, Benedikt Zacher <a href="mailto:tresch@lmb.uni-muenchen.de">tresch@lmb.uni-muenchen.de</a>



举例----------Examples----------


sampls = 100
probes = 63
at = (-31:31)*14
clus = matrix(rnorm(probes*sampls,sd=1),ncol=probes)
clus= rbind( t(t(clus)+sin(1:probes/10))+1:nrow(clus)/sampls , t(t(clus)+sin(pi/2+1:probes/10))+1:nrow(clus)/sampls )
labs = paste("cluster",kmeans(clus,4)$cluster)

profileplot(clus,main="All data",fromto=c(0,1))
profileplot(clus,label=labs,main="Clustered data",colpal=c("heat","blue","red","topo"),add.quartiles=FALSE)
profileplot(clus,main="Same data, 4 clusters in one plot\n color gradient fromto = c(0.4,0.6), no outliers plotted",label=labs,separate=FALSE,xaxt="n",fromto=c(0.4,0.6),
        colpal=c("heat","blue","red","green"),outer.col="none")

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。