R语言 Starr包 makeSplines()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

makeSplines(Starr)
makeSplines()所属R语言包：Starr

                                        Fit splines to profiles
                                         花键配合来型材

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function uses the pspline package to fit spilnes to each entry in a list of profiles.
此功能使用pspline包在一个配置文件列表中，以适应每个条目spilnes，。


用法----------Usage----------


makeSplines(profiles, df=1000)



参数----------Arguments----------

参数：profiles
a list as it is created by the getProfiles package.
作为创建由getProfiles包列表。


参数：df
the degree of freedom of the fit
合适的自由程度


值----------Value----------

a list as it is created by the getProfiles function.
作为它由getProfiles函数创建的列表。


作者（S）----------Author(s)----------


Benedikt Zacher <a href="mailto:zacher@lmb.uni-muenchen.de">zacher@lmb.uni-muenchen.de</a>



参见----------See Also----------

smooth.Pspline, predict.smooth.Pspline
smooth.Pspline，predict.smooth.Pspline


举例----------Examples----------


## [＃]
# dataPath &lt;- system.file("extdata", package="Starr")[< - 。系统数据通路（的“extdata”，包=“斯塔尔”）]
# bpmapChr1 &lt;- readBpmap(file.path(dataPath, "Scerevisiae_tlg_chr1.bpmap"))[bpmapChr1 < -  readBpmap（file.path（数据通路，“Scerevisiae_tlg_chr1.bpmap”））]

# cels &lt;- c(file.path(dataPath,"Rpb3_IP_chr1.cel"), file.path(dataPath,"wt_IP_chr1.cel"), [CELS < -  C（file.path（数据通路，“Rpb3_IP_chr1.cel”），file.path（数据通路，“wt_IP_chr1.cel”），]
#         file.path(dataPath,"Rpb3_IP2_chr1.cel"))[file.path（数据通路，“Rpb3_IP2_chr1.cel”））]
# names &lt;- c("rpb3_1", "wt_1","rpb3_2")[名< - （“rpb3_1”，“wt_1”，“rpb3_2”）]
# type &lt;- c("IP", "CONTROL", "IP")[类型< -  C（“知识产权”，“控制”，“知识产权”）]
# rpb3Chr1 &lt;- readCelFile(bpmapChr1, cels, names, type, featureData=TRUE, log.it=TRUE)[rpb3Chr1 < -  readCelFile（bpmapChr1，CELS，名称，类型，featureData = TRUE，log.it = TRUE）]

# ips &lt;- rpb3Chr1$type == "IP"[IPS <费用 -  rpb3Chr1类型==“知识产权”]
# controls &lt;- rpb3Chr1$type == "CONTROL"[控制<“ -  rpb3Chr1 $ ==”控制“]

# rpb3_rankpercentile &lt;- normalize.Probes(rpb3Chr1, method="rankpercentile")[rpb3_rankpercentile < -  normalize.Probes（rpb3Chr1，方法=“rankpercentile”）]
# description &lt;- c("Rpb3vsWT")[说明< - &#199;（“Rpb3vsWT”）]
# rpb3_rankpercentile_ratio &lt;- getRatio(rpb3_rankpercentile, ips, controls, description, fkt=median, featureData=FALSE)[rpb3_rankpercentile_ratio < -  getRatio（rpb3_rankpercentile，IPS，控制，描述，FKT =中位数，featureData = FALSE）]

# probeAnnoChr1 &lt;- bpmapToProbeAnno(bpmapChr1)[probeAnnoChr1 < -  bpmapToProbeAnno（bpmapChr1的）]
# transcriptAnno &lt;- read.gffAnno(file.path(dataPath, "transcriptAnno.gff"), feature="transcript")[transcriptAnno < -  read.gffAnno（file.path功能=（数据通路，“transcriptAnno.gff”），“成绩单”）]

# profile &lt;- getProfiles(rpb3_rankpercentile_ratio, probeAnnoChr1, transcriptAnno, 500, 500, feature="transcript", borderNames=c("TSS", "TTS"), method="basewise", sameLength=T, fill=T, distance=8, spacing=4)[个人资料< -  getProfiles（rpb3_rankpercentile_ratio，probeAnnoChr1，transcriptAnno，500，500，功能=“成绩单”，borderNames = C（“TSS的”，“语音合成”），方法=“basewise的”，sameLength距离= T，填充= T = 8，间距= 4）]
# profile_splines &lt;- makeSplines(profile)[profile_splines < -  makeSplines（资料）]

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注：
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