R语言 Starr包 filterGenes()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

filterGenes(Starr)
filterGenes()所属R语言包：Starr

                                         Filter Features/Genes
                                         过滤功能/基因

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This fucntion filters genes and other annotated features with respect to length, ovelaps and distance to other features.
这种的fucntion过滤长度，ovelaps和其他功能的距离的基因和其他注释功能。


用法----------Usage----------


filterGenes(gffAnno, distance_us=500, distance_ds=500, minLength=-Inf, maxLength=Inf)



参数----------Arguments----------

参数：gffAnno
a data frame containing the annotation
一个数据框包含注释


参数：distance_us
how many basepairs upstream to the feature should not overlap with other features.
多少个碱基对上游功能，不应与其他功能相重叠。


参数：distance_ds
how many basepairs downstream to the feature should not overlap with other features.
如何下游的功能，许多碱基不应该与其他功能相重叠。


参数：minLength
minimal length of the feature
最小长度的功能


参数：maxLength
maximal length of the feature
最大长度的功能


值----------Value----------

a character vector with the names of the features, that passed the filter.
特征向量与功能的名称，通过过滤器。


作者（S）----------Author(s)----------


Benedikt Zacher <a href="mailto:zacher@lmb.uni-muenchen.de">zacher@lmb.uni-muenchen.de</a>



举例----------Examples----------


##[＃]
# dataPath &lt;- system.file("extdata", package="Starr")[< - 。系统数据通路（的“extdata”，包=“斯塔尔”）]
# transcriptAnno &lt;- read.gffAnno(file.path(dataPath, "transcriptAnno.gff"), feature="transcript")[transcriptAnno < -  read.gffAnno（file.path功能=（数据通路，“transcriptAnno.gff”），“成绩单”）]
# filtered_transcripts &lt;- filterGenes(transcriptAnno, distance_us = 0, distance_ds = 0, minLength = 1000)[filtered_transcripts < -  filterGenes（transcriptAnno，distance_us 0，distance_ds = 0，minLength = 1000）]

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注：
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