R语言 sscore包 computeAffxSFandSDT ()函数中文帮助文档(中英文对照)

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computeAffxSFandSDT (sscore)
computeAffxSFandSDT ()所属R语言包：sscore

                                         Compute SF and SDT values using affxparser routines
                                         计算SF和SDT值affxparser例程

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Computes the scaling factor (SF) and statistical difference threshold (SDT) values of Affymetrix GeneChips, for use in calculating S-Score values
计算缩放因子（SF）和统计学上的差异阈（SDT）Affymetrix的基因芯片的值，在计算的S-分数值


用法----------Usage----------


computeAffxSFandSDT(afbatch, stdvs, pixels, TGT = 500, digits = NULL, verbose = FALSE, plot.histogram = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：afbatch
An AffyBatch object  
AffyBatch对象


参数：stdvs
matrix of standard deviations for probe intensities from *.CEL file  
从*探针强度的标准偏差矩阵为CEL文件。


参数：pixels
matrix of number of pixels for probe intensities from *.CEL file  
从*探针强度的像素数矩阵为CEL文件。


参数：TGT
the target intensity to which the arrays should be scaled  
应扩大阵列的目标强度


参数：digits
number of significant digits for SF and SDT values  
SF和SDT值的有效位数的数


参数：verbose
logical value. If TRUE it provides more detail of the SF and SDT calculations.  
逻辑值。如果TRUE它提供了更多详细的SF和SDT计算。


参数：plot.histogram
logical value.  if TRUE it plots a histogram of intensities  
逻辑值。如果TRUE图的强度的直方图


Details

详情----------Details----------

Calculates SF and SDT factors using the algorithms described in the Affymetrix Statistical Algorithms Description Document.  The SF and SDT may be used in the calculation of S-Score values, or may be useful in their own right.  One SF and SDT value is calculated for each GeneChip, which are arranged in the same order as the columns in the AffyBatch object.
计算科幻和特殊和差别待遇的因素，使用Affymetrix公司的统计算法描述文件中所描述的算法。 SF和特殊和差别待遇，可用于计算的S-分数值，或在自己的权利可能是有用的。一个SF和SDT值计算每个基因芯片，这是在同一顺序安排在AffyBatch对象列。


值----------Value----------

computeSFandSDT returns a list containing the following components:
computeSFandSDT返回一个列表，其中包含以下组件：


参数：SF
SF values, one for each GeneChip  
科幻值，每个基因芯片


参数：SDT
SDT values, one for each GeneChip  
SDT的价值观，每个基因芯片


注意----------Note----------

Based on Affymetrix MAS5 Statistical SDK source code  http://www.affymetrix.com/Auth/support/developer/stat_sdk/STAT_SDK_source.zip,
基于Affymetrix公司MAS5统计SDK源代码http://www.affymetrix.com/Auth/support/developer/stat_sdk/STAT_SDK_source.zip的，


作者（S）----------Author(s)----------


Richard Kennedy <a href="mailto:rkennedy@vcu.edu">rkennedy@vcu.edu</a>



参考文献----------References----------

Inc., Santa Clara, CA, whitepaper. http://www.affymetrix.com/support/technical/whitepapers/sadd_whitepaper.pdf

举例----------Examples----------


  if (length(dir(pattern=".cel$")) != 0) {

  ## Read in the *.CEL files[＃读取CEL文件*。]
  abatch <- ReadAffy()

  ## compute SF and SDT[＃计算SF和SDT]
  SfSdt <- computeSFandSDT(abatch)

  ## show verbose output[＃显示详细的输出。]
  SfSdt <- computeSFandSDT(abatch,verbose=TRUE)

  ## plot PM and MM histograms for each *.CEL file[＃的图下午和MM的柱状图为每个*。CEL文件]
  SfSdt <- computeSFandSDT(abatch,plot.histogram=TRUE)

}


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