R语言 SRAdb包 sraConvert()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

sraConvert(SRAdb)
sraConvert()所属R语言包：SRAdb

                                        Cross-reference between GEO data types
                                         GEO数据类型之间的交叉引用

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A common task is to find all the SRA entities of one type associated with another SRA entity (eg., find all SRA samples associated with SRA study 'SRP001990'). This function provides a very fast mapping between entity types to facilitate queries of this type.
一个共同的任务是找到所有的储备金帐户实体与另一个特别储备金帐户的实体（如，找到所有SRA储备金帐户研究“SRP001990”相关的样品）的一种类型。此功能提供了一个非常快的实体类型之间的映射，以促进这种类型的查询。


用法----------Usage----------


sraConvert(in_acc, out_type = c("sra", "submission", "study", "sample", "experiment", "run"), sra_con)



参数----------Arguments----------

参数：in_acc
Character vector of SRA accessions and should be of same SRA data type, either one of SRA  submission, SRA study, SRA  sample, SRA  experiment and SRA  run'  
储备金帐户加入，应该是相同的储备金帐户数据类型的字符向量，要么储备金帐户提交之一，特别储备金帐户的研究，特别储备金帐户样品，储备金帐户实验和储备金帐户运行“


参数：out_type
Character vector of the following SRA data types: 'sra', 'submission','study','sample','experiment','run'; if 'sra' is in out_type, out_type  will be c("submission", "study", "sample", "experiment", "run")  
特别储备金帐户的下列数据类型：“SRA”，“提交”，“学习”，“样本”，“实验”，“运行”;如果SRA“在out_type是的，out_type将C（”提交的字符向量“ ，“研究”，“样本”，“实验”，“运行”）


参数：sra_con
Connection to the SRAmetadb SQLite database  
连接的SRAmetadb SQLite数据库


值----------Value----------

A data.frame containing all matched SRA accessions.
数据框包含所有匹配的储备金帐户加入。


作者（S）----------Author(s)----------



Jack Zhu <zhujack@mail.nih.gov>




参见----------See Also----------

getSRA, listSRAfile, getSRAinfo
getSRA，listSRAfile，getSRAinfo


举例----------Examples----------


if(file.exists('SRAmetadb.sqlite')) {

        library(SRAdb)
        sra_dbname <- 'SRAmetadb.sqlite'       
        sra_con <- dbConnect(dbDriver("SQLite"), sra_dbname)

        ## Convert SRA experiment accessions to other types[＃储备金帐户实验加入其他类型的转换]
        a <- sraConvert( in_acc=c(" SRR000137", "SRR000138 "), out_type=c('sample'), sra_con=sra_con )
        b <- sraConvert (in_acc=c("SRX000089"), sra_con=sra_con)

} else {
          print("use getSRAdbFile() to get a copy of the SRAmetadb.sqlite file
and then rerun the example")
}

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。