R语言 SRAdb包 getSRAinfo()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getSRAinfo(SRAdb)
getSRAinfo()所属R语言包：SRAdb

                                        Get file size and date from NCBI ftp site for available sra or sra-lite data files associated with input SRA accessions
                                         从NCBI的FTP站点提供SRA或与输入SRA加入相关的SRA-Lite的数据文件的文件大小和日期

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function will get sra or sra-lite data file size and date from NCBI ftp site associated with input SRA accessions
此功能将得到从NCBI的FTP网站输入储备金帐户加入SRA或SRA-lite的数据文件大小和日期


用法----------Usage----------


getSRAinfo(in_acc, sra_con, sraType='litesra')



参数----------Arguments----------

参数：in_acc
character vector of SRA accessions and should be of same SRA data type, either one of SRA  submission, SRA study, SRA  sample, SRA  experiment and SRA  run  
SRA各加入和特征向量应该是相同的储备金帐户数据类型，一方提交储备金帐户，特别储备金帐户的研究，特别储备金帐户样品，实验储备金帐户和特别储备金帐户运行


参数：sra_con
Connection to the SRAmetadb SQLite database  
连接的SRAmetadb SQLite数据库


参数：sraType
types of SRA data files, which should be 'sra' or 'litesra'.  
SRA各数据文件的类型，这应该是“SRA或litesra”。


Details

详情----------Details----------

The function will convert all input SRA accessions to SRA experiment and run accessions and get sra or sra-lite data file size and date from NCBI SRA ftp sites.
功能将转换所有输入储备金帐户加入储备金帐户的试验和运行的加入，并得到SRA或SRA-Lite的数据从NCBI储备金帐户的FTP站点的文件大小和日期。


值----------Value----------

A data.frame containing NCBI ftp addresses to the SRA data files,  and size and date along with input SRA accessions.
数据框包含NCBI的FTP地址输入储备金帐户加入SRA的数据文件，大小和日期。


作者（S）----------Author(s)----------



Jack Zhu <zhujack@mail.nih.gov>




参见----------See Also----------

listSRAfile, getSRAfile
listSRAfile，getSRAfile


举例----------Examples----------


if(file.exists('SRAmetadb.sqlite')) {

        library(SRAdb)
        sra_dbname <- 'SRAmetadb.sqlite'       
        sra_con <- dbConnect(dbDriver("SQLite"), sra_dbname)
       
        ## Get file size and date from NCBI ftp site for available fastq files associated with "SRS012041","SRS000290"[＃从NCBI ftp站点获取的可用fastq“SRS012041”相关的文件，文件大小和日期“SRS000290”]
        getSRAinfo (in_acc=c("SRS012041","SRS000290"), sra_con=sra_con, sraType='litesra')

} else {
          print("use getSRAdbFile() to get a copy of the SRAmetadb.sqlite file  and then rerun the example")
}


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