R语言 spkTools包 spkAll()函数中文帮助文档(中英文对照)

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spkAll(spkTools)
spkAll()所属R语言包：spkTools

                                        Spike-in Functions Wrapper
                                         在穗函数的包装

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A wrapper for the functions contained in the spkTools package, which calls each function.
在spkTools包，调用每个函数包含的功能的包装。


用法----------Usage----------


spkAll(object, label, model=expr~spike+probe+array, fc=NULL, tol=3,
xrngs=NULL, yrngs=NULL, cuts=c(.6,.99), potQuantile=.995,
gnn=c(25,100,10000), pch=".", output="eps")



参数----------Arguments----------

参数：object
a SpikeInExpressionSet object
1 SpikeInExpressionSet对象


参数：label
a character string to insert into the graphs and tables produced
字符串插入图表和表格制作


参数：model
model to be passed to spkAnova
模型将传递到spkAnova的


参数：fc
the fold change for which fold change plots will be produced
将产生倍倍图


参数：tol
the number of digits after the decimal point in fc
在FC小数点后的数字


参数：xrngs
ranges for the x-axis of each plot. d=density, s=slope, v=box, m=M vs A
每个小区的X-轴的范围。 ð=密度，S =斜坡，V =框，M = M与一


参数：yrngs
ranges for the y-axis of each plot. d=density, s=slope, v=box, m=M vs A
每个小区的Y轴的范围。 ð=密度，S =斜坡，V =框，M = M与一


参数：cuts
quantiles used to make the low, medium, and high bins
用于低，中位数，和高箱


参数：potQuantile
the desired quantile to compute the probability of being above
所需的位数来计算的是以上的概率


参数：gnn
a vector of 3 numbers passed to spkGNN: the desired number of true positives, the number of truly expressed genes, and the number of truly unexpressed genes
的3个数字传递到spkGNN的向量：真阳性的所需数量，数量的真正表达的基因，并真正未表达的基因数目


参数：pch
plotting point to be used in spkSlope
策划点在spkSlope的使用


参数：output
the format in which to save the plots produced. Options are "pdf" and "eps"
格式在其中保存的图产生。选项是“PDF”和“EPS”


值----------Value----------

The full complement of plots and tables described in the vignette are created and saved in the current working directory.
完整的图和描述表中的小插曲，创建并保存在当前工作目录。


作者（S）----------Author(s)----------


Matthew N. McCall



举例----------Examples----------


data(affy)
spkAll(affy, label="affy", fc=2)

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