R语言 snpStats包 switch.alleles()函数中文帮助文档(中英文对照)

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switch.alleles(snpStats)
switch.alleles()所属R语言包：snpStats

                                        Switch alleles in columns of a SnpMatrix or in test results
                                         切换一个SnpMatrix的列或基因测试结果

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is a generic function which can be applied to objects of class "SnpMatrix" or  "XSnpMatrix" (which hold SNP genotype data), or to objects of class  "SingleSnpTestsScore" or "GlmTests" (which hold association test results). In the former case, specified SNPs can be recoded as if the alleles were switched (so that AA genotypes become BB and  vice-versa while AB remain unchanged). In the latter case, test results are modified as if alleles had been switched.
这是一个通用的功能，它可以应用到对象类"SnpMatrix"或"XSnpMatrix"（持有SNP基因型数据），或类对象"SingleSnpTestsScore"或"GlmTests"（持有关联的测试结果）。在前一种情况下，可以重新编码指定的单核苷酸多态性等位基因交换（AA基因型，使成为BB和反之亦然，而AB公司不变）。在后一种情况，测试结果修改等位基因仿佛已切换。


用法----------Usage----------


switch.alleles(x, snps)



参数----------Arguments----------

参数：x
The input object, of class  "SnpMatrix", "XSnpMatrix", "SingleSnpTestsScore", or "GlmTests"
输入对象类，"SnpMatrix"，"XSnpMatrix"，"SingleSnpTestsScore"或"GlmTests"


参数：snps
A vector of type integer, character or logical specifying the SNP to have its alleles switched
一个向量类型的整数，字符或指定的单核苷酸多态性，其等位基因的逻辑交换


值----------Value----------

An object of the same class as the input object
同一类的对象作为输入对象


注意----------Note----------

Switching alleles for SNPs has no effect on test results. These functions are required when carrying out meta-analysis, bringing together several sets of results. It is then important that alleles line up in the datasets to be combined. It is often more convenient (and faster) to apply this process to the test result objects rather than to the genotype data themselves.
切换为单核苷酸多态性的等位基因对测试结果没有影响。这些功能都需要时进行荟萃分析，结果汇集几套。它是那么重要，等位基因排队将要合并的数据集。它往往是更方便和更快的申请过程测试结果对象，而不是自己的基因型数据。


作者（S）----------Author(s)----------


David Clayton <a href="mailto:david.clayton@cimr.cam.ac.uk">david.clayton@cimr.cam.ac.uk</a>



参见----------See Also----------

SnpMatrix-class, XSnpMatrix-class, SingleSnpTests-class, GlmTests-class
SnpMatrix-class，XSnpMatrix-class，SingleSnpTests-class，GlmTests-class


举例----------Examples----------


data(testdata)
which <-  c("173774", "173811")
Asw <- switch.alleles(Autosomes, which)
col.summary(Autosomes[,which])
col.summary(Asw[,which])

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