R语言 snpStats包 sample.ped.gz()函数中文帮助文档(中英文对照)

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sample.ped.gz(snpStats)
sample.ped.gz()所属R语言包：snpStats

                                        Sample datasets to illustrate data input
                                         说明输入数据的样本数据集

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The first five files concern data on 20 diallelic loci on 120 subjects. These data are  distributed with the Haploview package (Barrett et al., 2003). The sixth file contains a additional dataset of 18 SNPs in 100 subjects, coded in long format. These six files are used in the data input vignette. The final file is a sample imputed genotype dataset distributed with the MACH imputation package, and used in the imputation vignette.
前五个文件，20位点120个科目的diallelic关心的数据。这些数据分布与Haploview包（巴雷特等。，2003）。第六文件包含额外的18个SNPs在100位的数据集，在长格式编码。这六个文件，用于在数据输入的小插曲。最终的文件是一个样本估算基因型数据集分布式马赫归集包，用于归集的小插曲。

These files are stored in the extdata relative to the package base. Full file names can be obtained using the system.file function.
这些文件存储在extdata包碱基。使用system.file函数可以得到完整的文件名。


格式----------Format----------

There are five files:
有五个文件：

sample.ped.gz: A gzipped pedfile
sample.ped.gz：一个gzip压缩pedfile

sample.info: An accompanying locus information file
sample.info：一位随行的轨迹信息文件

sample.bed: The corresponding PLINK .bed file
sample.bed：相应的的砰砰.bed文件

sample.bim: The PLINK .bim file
sample.bim砰砰.bim文件

sample.fam: The PLINK .fam file
sample.fam砰砰.fam文件

sample-long.gz: A sample of long-formatted data
sample-long.gz：一个样品的长格式的数据

mach1.out.mlprob.gz: An mlprob output file from the MACH genotype imputation program. This file contains, for each imputed genotype call, posterior probabilities for the three possible genotypes
mach1.out.mlprob.gz：一个mlprob的从马赫的基因型归集计划的输出文件。这个文件包含了每个推算基因型分型，后验概率的三种可能的基因型


源----------Source----------

http://www.broadinstitute.org/scientific-community/science/programs/medical-and-population-genetics/haploview/downloads http://www.sph.umich.edu/csg/abecasis/MACH/download
http://www.sph.umich.edu/csg/abecasis/MACH/download


参考文献----------References----------

and visualization of LD and haplotype maps. Bioinformatics, 2005 Jan 15, [PubMed ID: 15297300]
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注：
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