plotUncertainty(snpStats)
plotUncertainty()所属R语言包:snpStats
Plot posterior probabilities of genotype assignment
图基因型分配后验概率
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The snpStats package allows for storage of uncertain genotype assignments in a one byte "raw" variable. The probabilities of assignment form a three-vector, subject to the linear constraint that they sum to 1.0; their possible values are grouped into 253 different classes. This function displays counts of these classes on a two-dimensional isometric plot.
snpStats包可以存储在一个字节的“原始”的变量的不确定基因型分配。被分为253个不同类别的分配形式的三向量的线性约束,他们的总和为1.0;其可能值的概率。此功能显示这些类的一个两维的等距图计数。
用法----------Usage----------
plotUncertainty(snp, nlevels = 10, color.palette = heat.colors(nlevels))
参数----------Arguments----------
参数:snp
One or more columns of a SnpMatrix object
SnpMatrix对象的一个或多个列
参数:nlevels
Probability cells are coloured according to frequency. This argument gives the number of colours that can be used
概率单元是彩色的,根据频率。这种说法提供了可以使用的颜色数
参数:color.palette
The colour palette to be used
要使用调色板
Details
详情----------Details----------
The plot takes the form of an equilateral triangle in which each apex represents a certain assignment to one of the three genotypes. A point within the triangle represents, by the perpendicular distance from each side, the three probabilities. Each of the 253 probability classes is represented by a hexagonal cell, coloured according to its frequency in the data, which is also written within the cell
图需要一个等边三角形的形式,其中每个顶点代表了一定的分配到三种基因型。三角形内点表示,从每边的垂直距离,三个的概率。 253概率类每一个六角形单元,有色表示,根据其频率的数据,这也是单元内的书面
作者(S)----------Author(s)----------
David Clayton <a href="mailto:david.clayton@cimr.cam.ac.uk">david.clayton@cimr.cam.ac.uk</a>
举例----------Examples----------
## No example available yet[#没有例子还]
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注:
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