R语言 snpStats包 ibsCount()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ibsCount(snpStats)
ibsCount()所属R语言包：snpStats

                                        Count alleles identical by state
                                         计数由国家相同的等位基因

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function counts, for all pairs of subjects and across all SNPs, the total number of alleles which are identical by state (IBS)
此函数计算，所有受试者对所有单核苷酸多态性，这是由国家相同的等位基因总数（IBS）的


用法----------Usage----------


ibsCount(snps, uncertain = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：snps
An input object of class "SnpMatrix" or "XSnpMatrix"
输入对象的类"SnpMatrix"或"XSnpMatrix"


参数：uncertain
If FALSE, uncertain genotypes are ignored. Otherwise contributions are weighted by posterior probabilities
如果FALSE，不确定的基因型忽略。否则，捐款加权后验概率


Details

详情----------Details----------

For each pair of subjects the function counts the total number of alleles which are IBS. For autosomal SNPs, each locus contributes 4 comparisons, since each subject carries two copies. For SNPs on the X chromosome, the number of comparisons is also 4 for female:female comparisons, but is 2 for female:male  and 1 for male:male comparisons.
对每个科目的功能，重要的是肠易激综合征的等位基因总数。为常染色体显性遗传的单核苷酸多态性，每个座位的贡献4个比较，因为每个主题进行了两份。对于X染色体上的单核苷酸多态性，数量比较也是4女性：女性比较，但2女：男男1：男性比较。


值----------Value----------

If there are <VAR>N</VAR> rows in the input matrix, the function returns an <VAR>N</VAR>*<VAR>N</VAR> matrix. The upper triangle contains the total number of comparisons and the lower triangle contains the number of these which  are IBS. The diagonal contains the number of valid calls for each subject.
如果有<VAR> N </ VAR的输入矩阵的行，函数返回<VAR>的N </变更* <VAR> N </变更>矩阵。上三角包含总数的比较和较低的三角形包含这些是IBS的数量。对角线包含每个科目的有效检测的数量。


注意----------Note----------

In genome-wide studies, the SNP data will usually be held as a series of objects (of class "SnpMatrix" or "XSnpMatrix"), one  per chromosome. Note that the matrices produced by applying the ibsCount function to each object in turn can be added to yield the genome-wide result.
在全基因组的研究中，通常会举行的SNP数据为对象的系列（类"SnpMatrix"或"XSnpMatrix"），每个染色体之一。请注意，ibsCount函数反过来，每个对象产生的矩阵可以添加产生的全基因组的结果。


作者（S）----------Author(s)----------


David Clayton <a href="mailto:david.clayton@cimr.cam.ac.uk">david.clayton@cimr.cam.ac.uk</a>



参见----------See Also----------

ibsDist which calculates a distance matrix based
ibsDist计算距离矩阵的


举例----------Examples----------


data(testdata)

ibs.A <- ibsCount(Autosomes[,1:100])
ibs.X <- ibsCount(Xchromosome)

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