genomePlot(snapCGH)
genomePlot()所属R语言包：snapCGH
Plots the genome
绘制基因组
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Basic plot of the log2 ratios for each array ordered along the genome.
log2比率为每个阵列的基本图下令沿基因组。
用法----------Usage----------
genomePlot(input, array = 1, naut = 22, Y = FALSE, X
= FALSE, main = NA, status, values, pch, cex, col, chrominfo =
chrominfo.Mb, ylim = c(-2, 2), ylb = "Log2Ratio",
chrom.to.plot = NA, xlim = c(0,NA), ...)
参数----------Arguments----------
参数：input
an object of class MAList or SegList
对象类MAList或SegList
参数：array
integer of the array (sample) to be plotted.
整数数组（样品）要绘制。
参数：naut
number of autosomes in the organism
在生物体的染色体数目
参数：Y
TRUE if chromosome Y is to be plotted, FALSE otherwise
Y染色体是TRUE，如果要绘制，否则返回FALSE
参数：X
TRUE if chromosome X is to be plotted, FALSE otherwise
TRUE，如果要绘制的X染色体，否则返回FALSE
参数：main
Provides the title of the plot
提供图的标题
参数：status
character vector giving the control status of each spot on the array, of same length as the number of rows of log2ratios(input). If omitted, all points are plotted in the default color, symbol and size.
特征向量阵列上的每个点的控制地位，log2ratios(input)行数相同的长度。如果省略，所有点都在默认的颜色，符号和大小绘制。
参数：values
character vector giving values of status to be highlighted on the plot. Defaults to unique values of status. Ignored if there is no status vector.
status强调图给予值的特征向量。默认status唯一值。被忽略，如果有没有status向量。
参数：pch
vector or list of plotting characters. Default to integer code 16. Ignored is there is no status vector.
向量或列表绘制字符。默认为整数代码16。忽视的是有没有status向量。
参数：col
numeric or character vector of colors, of the same length as values. Defaults to 1:length(values). Ignored if there is no status vector.
数字或字符向量的颜色，相同长度为values。 1:length(values)默认。被忽略，如果有没有status向量。
参数：cex
numeric vector of plot symbol expansions, of the the same length as values. Defaults to 0.2 for the most common status value and 1 for the others. Ignored if there is no status vector.
数字向量积符号扩展的作为values的长度相同。最常见的status值和其他1默认为0.2。被忽略，如果有没有status向量。
参数：chrominfo
a chromosomal information associated with the mapping of the data.
染色体相关的信息与数据的映射。
参数：ylim
Minimum y-scale to use for plotting.
规模最小Y绘图使用。
参数：chrom.to.plot
Specify which chromosome to plot
指定绘制的染色体
参数：ylb
label for the Y-axis.
Y轴的标签。
参数：xlim
limits for the x-axis
x轴的限制
参数：...
Any other parameters
任何其他参数
Details
详情----------Details----------
The status vector is intended to specify the control status of each spot, for example "gene", "ratio control", "house keeping gene", "buffer" and so on. The vector is usually computed using the function controlStatus and a spot-types file. However the function may be used to highlight any subset of spots.
状态向量拟指定每个点的控制状态，例如“基因”，“比例控制”，“看家基因”，“缓冲区”等。通常的向量计算使用的功能controlStatus和现货类型的文件。然而，该功能可用于突出任何点的子集。
作者（S）----------Author(s)----------
John Marioni
参见----------See Also----------
MAList SegList
MAListSegList
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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 14:33:52
