R语言 snapCGH包 fit.model()函数中文帮助文档(中英文对照)

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fit.model(snapCGH)
fit.model()所属R语言包：snapCGH

                                         Fitting a heterogeneous HMM to the log2 ratios on a particular chromosome.
                                         拟合某一特定染色体上的log2比异构的HMM。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function fits five homogeneous HMMs to the log2 ratios on a particular chromosome. It then uses either the AIC or BIC to determine which of the five models is optimal before using a scaled version of the Viterbi algorithm to assign clones to states with the same underlying copy number.
此功能适合特定的染色体上的log2比五齐HMM模型。然后，它使用的AIC或者BIC，以确定这五种模式是最佳使用前的Viterbi算法的缩放版本，用相同的底层拷贝数分配给各州的克隆。


用法----------Usage----------


fit.model(sample, chrom, dat, datainfo = clones.info, useCloneDists = TRUE, covariates,
aic = TRUE, bic = FALSE, delta = 1, var.fixed=FALSE, epsilon = 1e-06,
numiter = 30000)



参数----------Arguments----------

参数：sample
If there are multiple samples, the number of the sample to be segmented  
如果有多个样品，样品的数量分割


参数：chrom
The chromosome on which the segmentation is to be carried out on  
在染色体上的分割是进行


参数：dat
The log2 ratios obtained from the clones located on that chromosome  
位于该染色体的比率从克隆获得的log2


参数：datainfo
A dataframe containing information about the clones on that chromosome (name, chromosome and location (in Mbs))  
关于染色体的克隆一个dataframe包含的信息（名称，染色体和位置（MBS））


参数：useCloneDists
Boolean stating whether the distance between clones should be incorportated into the HMM.  If false then the HMM become homogeneous.
布尔说明克隆之间的距离是否应incorportated的HMM。如果为false，那么HMM模型成为均匀。


参数：covariates
A matrix containing the covariate information for the clones located on the chromosome to be segmented. It should have length one less than the number of clones as covariate information is not used when segmenting the first clone on the chromosome.  
矩阵包含位于染色体上的克隆，分割协信息。它应该有长度比克隆少，作为协信息不被分割在染色体上的第一个克隆时使用。


参数：aic
Set to true if you want to use the aic. This is the default.  Only one of aic and bic should be set to true.
如果你想使用AIC设置为true。这是默认的。只有一个AIC和BIC应设置为true。


参数：bic
Set to true if you want to use the bic.
如果你想使用BIC设置为true。


参数：delta
A parameter to be set if you want to use the BIC  
设置一个参数，如果你想使用的BIC


参数：var.fixed
Logical variable - TRUE if you want to tie the variance to be the same across all states. Defaults to FALSE  
逻辑变量 - 如果你要配合的方差是相同横跨所有国家。默认为false


参数：epsilon
.        
。


参数：numiter
Number of iterations to be used in the optimization algorithm.
要在优化算法中使用的迭代数。


值----------Value----------

The output is in the same format as that obtained when the nlm function is applied.
输出的是，获得NLM功能应用时，在相同的格式。


作者（S）----------Author(s)----------


John Marioni and Mike Smith

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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