R语言 snapCGH包 convert.output()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

convert.output(snapCGH)
convert.output()所属R语言包：snapCGH

                                         Converts the output from the simulation to a format which can be used by segmentation schemes available within R
                                         从模拟转换输出一个可以使用的格式分割计划在R

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function converts the output obtained by applying our simulation scheme into a format that can be used (either directly or indirectly) as the input to various segmentation schemes available within R. Additionally, we are in the process of submitting a library to CRAN which will enable the user to apply a number of the segmentation schemes available within R to datasets which have the same structure as that generated by this function.
此功能转换成一个可用于各种分割计划在河此外输入（直接或间接）的格式应用到我们的模拟计划得到的输出，我们是在提交库CRAN的过程中，这将使用户可以申请分割计划在R可用此功能所产生的相同结构的数据集，其中有。


用法----------Usage----------


convert.output(input)



参数----------Arguments----------

参数：input
The output obtained upon applying the sim.structure function  
获得应用sim.structure功能后输出


Details

详情----------Details----------

This function outputs an object which is similar in structure/format to an RG or MA object used in Limma.
这个函数输出一个对象，它是在结构/格式类似RG或MA对象Limma使用。


值----------Value----------

This function outputs a list with entries
这个函数输出一个条目列表


参数：M
A matrix containing the \log_2 ratios
\log_2比矩阵


参数：genes
A matrix containing the simulated midpoints and the chromosome which forms the template upon which the simulation is based.
包含模拟中点和染色体形成模拟是基于模板的一个矩阵。


作者（S）----------Author(s)----------


Michael Smith, John Marioni



举例----------Examples----------


## The function is currently defined as[＃函数定义为]
function(input){
  holder <- list()
  for (i in 1:length(input)){
  holder[[i]] <- list()}
  for(i in 1:length(input)){
    holder[[i]]$genes <- matrix(NA, nrow = length(input[[i]]$clones$mid.point),
                                ncol = 2)
  }
  for(i in 1:length(input)){
    holder[[i]]$M <- as.matrix(input[[i]]$datamatrix)
    holder[[i]]$genes[,1] <- input[[i]]$clones$mid.point
    holder[[i]]$genes[,2] <- rep(input[[i]]$chrom,length(input[[i]]$clones$mid.point))
    colnames(holder[[i]]$genes) <- c("kb", "Chrom")
    holder[[i]] <- new("aCGHList", holder[[i]])
  }
  holder
  }

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。