R语言 SLGI包 test2Interact()函数中文帮助文档(中英文对照)

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test2Interact(SLGI)
test2Interact()所属R语言包：SLGI

                                        Summarize genetic interactions within or between cellular
                                         总结单元内或之间的遗传相互作用

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Summarize the genetic interactions within one cellular organizational unit or between 2 cellular organizational units.
总结在一个单元的组织单位或2蜂窝组织单位之间的遗传相互作用。


用法----------Usage----------


test2Interact(iMat, tMat, interactome)



参数----------Arguments----------

参数：iMat
Genetic interaction matrix. Each entry has value 0 or 1, representing positive or negative interaction of corresponding pairs of row and column, respectively.
遗传相互作用矩阵。每个条目都有值0或1，表示积极或消极的相互作用相应的对行和列分别。


参数：tMat
Adjacency matrix of tested object. Each entry has value 0 or 1, representing the fact that the corresponding pairs of row and column have been tested for interaction or not.
测试对象的邻接矩阵。每个条目都有值0或1，代表互动或没有相应的行和列对已测试的事实。


参数：interactome
Adjacency matrix where  row are gene names and columns are cellular organizational units names. Each entry has value 0 or 1, for absence or presence of a gene in the complex.
其中行是基因名称和列的邻接矩阵是单元的组织单位名称。每个条目都有值0或1，缺席或在复杂的基因的存在。


值----------Value----------

the return value is a data.frame with 6 columns.
返回值是一个6列的数据框。


参数：unit1, unit2
cellular organizational units tested and interacting
单元组织单元测试和互动


参数：tested
Number of interactions tested between unit1 and unit2
测试1单元和2单元之间相互作用的数量，


参数：interact
Number of interactions found between unit1 and unit2
数量的1单元和2单元之间的相互作用


参数：sizeC1, sizeC2
Number of genes in  unit1 and unit2
在1单元和2单元的基因数目


作者（S）----------Author(s)----------


N. LeMeur



举例----------Examples----------


set.seed(123)
##Create the interactome[＃创建的相互作用组]
cInt <- sample(c(0,1),30, TRUE)
interactome  <- matrix(cInt, nrow=6, ncol=5,dimnames=list(letters[2:7],LETTERS[1:5]))

## Create cellular organizational units interaction matrix[＃创建单元组织单位的互动矩阵]
gInt <- sample(c(1:8), 25, TRUE)
gInt  <- matrix(gInt, nrow=5, ncol=5, dimnames=list(LETTERS[1:5],LETTERS[1:5]))

## All interactome tested[＃所有相互作用组测试]
gTest <- matrix(sample(c(0:3), 25, TRUE), nrow=5, ncol=5)
gTested <- gInt+gTest

val <- test2Interact(iMat=gInt, tMat=gTested, interactome=interactome)

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