R语言 SLGI包 seqMatcherAlign()函数中文帮助文档(中英文对照)

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seqMatcherAlign(SLGI)
seqMatcherAlign()所属R语言包：SLGI

                                         Functions to do local alignment of two sequences using EMBOSS matcher
                                         做两个序列的局部比对，用浮雕匹配的功能

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

seqMatcherAlign matches two sequences using the EMBOSS matcher program.
seqMatcherAlign匹配两个序列的使用浮雕匹配方案。

getAlignStats extract the statistics from the alignment result data.
getAlignStats提取从比对结果数据的统计。


用法----------Usage----------


    seqMatcherAlign(pairNameV,BankIDV,seqBank)
    getAlignStats(alignRes)



参数----------Arguments----------

参数：pairNameV
a vector of gene pair names
基因对名的向量


参数：BankIDV
a vector of the sequence IDs in the sequence Bank.
序列向量的ID序列中的银行。


参数：seqBank
a database of all the sequences  
全部序列数据库


参数：alignRes
object returned by seqMatcherAlign  
返回的对象seqMatcherAlign


Details

详情----------Details----------

seqMatcherAlign matches the gene pair names with the sequence bank IDs and export the two sequences in to two files: seq1.new and seq2.new. Then uses system calls to run EMBOSS matcher program to align the two sequences.  The result from matcher is store in file "out.matcher".  seqMatcherAlign read in this file and create a R object summarize the alignment results.
seqMatcherAlign匹配序列与银行标识基因对名，并出口到这两个文件的两个序列：seq1.new和seq2.new。然后使用系统调用运行浮雕匹配方案调整两个序列。从匹配的结果是商店文件“out.matcher”。 seqMatcherAlign读取这个文件，并创建一个R对象总结对齐结果。

getAlignStats takes the alignment result data and extract the statistics of the result in to data.frame.
getAlignStats需要对齐的结果数据，并提取到结果的统计数据框。


值----------Value----------


参数：names
contains the names of the gene pair
包含的基因对的名称


参数：results
contains the alignment statistics: the aligned total length, the number of identical match, the number of similar match, the number of gaps, and the alignment score
包含对齐统计：对齐的总长度，数量相同的比赛，一些类似的比赛，多项空白，并比对得分


参数：seq
displays the aligned sequences
显示序列


注意----------Note----------

pairMatcherAlign use system calls to run EMBOSS matcher program. You must have EMBOSS matcher installed on your computer.
pairMatcherAlign使用系统调用运行浮雕匹配方案。你必须有浮雕您的计算机上安装的匹配。


作者（S）----------Author(s)----------


Z. Jiang



参考文献----------References----------

Rice,P. Longden,I. and Bleasby,A.

举例----------Examples----------



seq1 <- "RPHEDEKEAIDEAKKMKVPGENEDESKEEEKSQELEEAIDSKEKSTDARDEQGDEGDNEEENNEEDNENENEHTAPPALVMPSPIEMEEQRM"
seq2 <- "QKYLLKKAIRNFSEYPFYAQNKLIHQQATGLILTEEEKSQELEEKIISKIKKEEHLKKINLKHDYFDLQKKYEKECEILTKLSENLRKEK"
seq3 <- "IHQQATGLILTKIISKIKKEEHVPGENEDLKKINLKHDYFDLQKKYEKECEILTKLSENLRKEEIENKRKEHELMEQKRREEGIETEKEKSLRHPSSSSSSRRRN"
seqBank <- list(seq1=list(seq=seq1),seq2=list(seq=seq2),seq3=list(seq=seq3))
bid <- names(seqBank)
pnames <- c("seq1","seq3")
## Not run: [＃无法运行：]
ar <- seqMatcherAlign(pnames, bid, seqBank)
ar
getAlignStats(ar)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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