R语言 SLGI包 congruence()函数中文帮助文档(中英文对照)

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congruence(SLGI)
congruence()所属R语言包：SLGI

                                        Calculate congruence score between pairs of of genes sharing pattern of synthetic genetic interactions
                                         之间对共享基因合成基因相互作用的模式计算的一致性得分

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The congruence score represents the number of common synthetic genetic interacting partners between two genes. The higher is the score the more overlap there is between the synthetic genetic partners of those genes.
congruence得分代表共同合成的遗传相互作用的两个基因之间的合作伙伴数量。较高的是更多的重叠合成的基因遗传伙伴之间有得分。


用法----------Usage----------


congruence(iMat, sharedInt, mode="query", universe, padjust=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：iMat
Adjacency matrix reporting genetic Interactions. Each entry has value 0 or 1, representing positive or negative interaction of corresponding pairs of row and column, respectively.
邻接矩阵报告遗传相互作用。每个条目都有值0或1，表示积极或消极的相互作用相应的对行和列分别。


参数：sharedInt
numeric vector representing the number of common genetic interactions between a pair of query or target genes. See getSharedInteraction for more details
较常见的遗传一双查询或靶基因之间的相互作用的数值向量。 getSharedInteraction更多细节


参数：mode
character vector of value "query" or "target"
特征向量的值“查询”或“目标”


参数：universe
total number of genes tested
测试基因总数


参数：padjust
adjust by the number of genes tested that show at least one synthetic genetic interaction.
通过测试，表明至少有一个合成基因相互作用的基因数目的调整。


值----------Value----------

A numeric vector of the congruence score values.
一个的全等得分值的数字向量。


作者（S）----------Author(s)----------


N. LeMeur



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

getSharedInteraction
getSharedInteraction


举例----------Examples----------


intM <- matrix(c(0,1,0,0,1,1,1,0,1,1,1,1,1,0,1,1),
                nrow=4, ncol=4,
                dimnames=list(c("p1","p2","p3","p4"),
                  c("p1","p3","p5","p7")))
sharedInt <- getSharedInteraction(intM)
score <- congruence(intM, sharedInt, mode="query", universe=15, padjust=FALSE)

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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