R语言 SLGI包 byComplex()函数中文帮助文档(中英文对照)

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byComplex(SLGI)
byComplex()所属R语言包：SLGI

                                        Evaluate protein co-membership within cellular organizational units
                                         评价蛋白在单元组织单位合作成员

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Count the protein co-members of one (or more) cellular organizational units such as complex(es). This co-membership can be characterized by a synthetic lethal interaction if bpL is the list of observed synthetic lethal interactions or it can be characterized by the number of all the expected interactions within that complexes if bpL is all the interactions tested.
计数的合作成员之一（或更多），如复杂的组织单位（ES）单元的蛋白质。如果BPL是观测到的合成致命的相互作用，它可以由所有预期的范围内，配合物的相互作用特点，如果BPL是所有测试的相互作用，这种合作的成员可以由合成致命的相互作用特点。


用法----------Usage----------


byComplex(bpL,interactome)



参数----------Arguments----------

参数：bpL
List of tested genes (or reported as synthetic lethal) per bait.
基因测试名单（或作为合成致死报道）每诱饵。


参数：interactome
Adjacency matrix where the rows are the genes and the columns represent the cellular organizational units, e.g., ScISI  </table>
邻接矩阵行是基因和列代表单元的组织单位，例如，ScISI</ TABLE>


值----------Value----------

Vector of the number of genes(proteins) co-member in one or more biological complexes or pathways.
向量的基因（蛋白质）的合作成员中的一个或多个生物复合物或途径。


作者（S）----------Author(s)----------


N. LeMeur and R. Gentleman



参见----------See Also----------

withinComplex
withinComplex


举例----------Examples----------


  data(ScISIC)
  data(AtongPair)
  pairSL <-  AtongPair[ AtongPair[,3],]
  SLlist <- split(as.character(pairSL[,2]),as.character(pairSL[,1]))
  ##Number of synthetic lethal pairs within the same complexe [＃内的同一配合物的合成致死对数]
  bySL <-byComplex(SLlist, ScISIC)

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