sim.plot.pvals.on.genome(SIM)
sim.plot.pvals.on.genome()所属R语言包：SIM
Plot the P-values in whole genome overview
绘制P值在整个基因组的概述
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Generates a plot of the analyzed dependent data probe positions and their significance on all chromosomes.
生成一个图相关数据分析探针位置和所有染色体上的意义。
用法----------Usage----------
sim.plot.pvals.on.genome(input.regions = "all chrs",
significance = c(0.05, 0.20),
adjust.method = "BY",
method = c("full", "smooth", "window", "overlap"),
run.name = "analysis_results",
pdf = TRUE,
main = "Significantly associated features",
ylab = "Chromosomes",
ann=par("ann"),
...)
参数----------Arguments----------
参数：input.regions
vector indicating the dependent regions to be analyzed. Can be defined in four ways: 1) predefined input region: insert a predefined input region, choices are: “all chrs”, “all chrs auto”, “all arms”, “all arms auto” In the predefined regions “all arms” and “all arms auto” the arms 13p, 14p, 15p, 21p and 22p are left out, because in most studies there are no or few probes in these regions. To include them, just make your own vector of arms. 2) whole chromosome(s): insert a single chromosome or a list of chromosomes as a vector: c(1, 2, 3). 3) chromosome arms: insert a single chromosome arm or a list of chromosome arms like c("1q", "2p", "2q"). 4) subregions of a chromosome: insert a chromosome number followed by the start and end position like "chr1:1-1000000" These regions can also be combined, e.g. c("chr1:1-1000000","2q", 3). See integrated.analysis for more information.
vector表明依赖区域进行分析。可以定义在四个方面：1) predefined input region: 插入一个预定义的输入区域，选择是：“所有CHRS”，“所有CHRS汽车”，“武器”，“所有武器的汽车”在预定区域“所有武器”和“所有自动武器”的武器，13P，14P，15P，21P和22P冷落，因为在大多数研究中，有没有在这些区域或几个探针。包括他们，才使自己的武器向量。 2) whole chromosome(s): 插入一个vector:c(1, 2, 3)的一个单一的染色体或染色体列表。 3) chromosome arms: 插入一个单一的染色体或染色体臂像c("1q", "2p", "2q")名单。 4) subregions of a chromosome: 插入一个染色体数目的开始和结束位置，如"chr1:1-1000000"这些区域也可以结合，如c("chr1:1-1000000","2q", 3)。看到integrated.analysis更多信息。
参数：significance
Two values that categorize the P-values on the selected chromosomes. These margins are indicated by different colors shown in the legend. These values can be defined, e.g. pval.sig = c(0.3, 0.075)
这两个值，分类选定的染色体上的P-值。这些利润是传说中的不同颜色表示。这些值可以定义，例如pval.sig = c(0.3, 0.075)
参数：adjust.method
Method used to adjust the P-values for multiple testing. see p.adjust Default is “BY” recommended when copy number is used as dependent data. See SIM for more information about adjusting P-values.
使用的方法调整为多重检验的P值。 p.adjust默认为“”拷贝数相关数据时，建议。关于调整P值的更多信息，请参阅SIM卡。
参数：method
this must be the either full, window, overlap or smooth but the data should generated by the same method in integrated.analysis.
这必须是要么全，窗口，重叠或顺利，但数据应产生同样的方法在integrated.analysis。
参数：pdf
Boolean. Indicate whether to generate a pdf of the plots in the current working directory or not.
布尔值。指示是否在当前工作目录或图生成PDF。
参数：run.name
This must be the same a given to integrated.analysis
这必须是相同的一个给定的integrated.analysis
参数：main
the usual graphical parameter for the caption of the plot.
图的标题通常的图形参数。
参数：ylab
the usual graphical parameter for the y-axis label of the plot.
通常的图形参数为Y轴标签的图。
参数：ann
the usual graphical parameter for annotation of the plot.
通常的图形参数标注的图。
参数：...
Arguments to be passed to pdf when pdf = TRUE, see Details.
可以传递pdf时pdf = TRUE，看到详细的参数。
Details
详情----------Details----------
Grey vertical lines indicate unsignificant probes on top the significant ones are plotted. A purple dot indicates the centromere and a organe line the input region.
灰色垂直线表明的unsignificant探针显着的绘制在上面。紫色的圆点表示着丝粒和organe行输入区域。
Sometimes it is useful to make the genome-plot as A4 landscape-format, add the following parameters to the sim.plot.pvals.on.genome(..., paper='a4r', width=0, height=0)
有时它是有用的，使基因组积为A4横向格式，添加以下参数sim.plot.pvals.on.genome(..., paper='a4r', width=0, height=0)
值----------Value----------
No values are returned. The results are stored in the folder “pvalue.plots” in directory run.name as pdf.
没有返回值。结果被存储在目录run.name为PDF文件夹“pvalue.plots”。
作者（S）----------Author(s)----------
Marten Boetzer, Melle Sieswerda, Renee X. de Menezes <a href="mailto:R.X.Menezes@lumc.nl">R.X.Menezes@lumc.nl</a>
参见----------See Also----------
SIM, sim.plot.zscore.heatmap, sim.plot.pvals.on.region
SIM卡，sim.plot.zscore.heatmap，sim.plot.pvals.on.region
举例----------Examples----------
#first run example(assemble.data)[第一次运行的例子（assemble.data）]
#and example(integrated.analysis)[和例如（integrated.analysis）]
#plot the p-values along the genome[绘制基因组沿P-值]
sim.plot.pvals.on.genome(input.regions="8q",
significance=c(0.05, 0.005),
adjust.method="BY",
method="full",
pdf=FALSE,
run.name="chr8q")
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 14:24:12
