R语言 simpleaffy包 pairwise.comparison()函数中文帮助文档(中英文对照)

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pairwise.comparison(simpleaffy)
pairwise.comparison()所属R语言包：simpleaffy

                                         Compute pairwise comparison statistics between two experimental groups
                                         计算两个实验组之间两两比较统计

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generate fold changes, t-tests and means for a pair of experimental groups
生成倍的变化，对实验组的t-检验和手段


用法----------Usage----------


  pairwise.comparison(x,group,members=NULL,spots=NULL,a.order=NULL,b.order=NULL,method="unlogged",logged=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：x
an ExpressionSet object.
ExpressionSet对象。


参数：group
column in pData(x).
在的PDATA列（X）。


参数：members
labels in group.
组的标签。


参数：spots
unnormalised AffyBatch data for this experiment - if included, results in PMA calls and detection p-values being generated
这个实验AffyBatch unnormalised数据 - 如果包括，在PMA检测和检测p-值所产生的结果


参数：a.order
For a comparison with matched pairs, the ordering of the first group of replicates
对于配对比较，第一组的顺序复制


参数：b.order
For a comparison with matched pairs, the ordering of the second group of replicates
对于配对比较，第二组的顺序复制


参数：method
What method should be used to calculate the average for the fold-change - can be either "logged","unlogged","median"
应该用什么方法来计算平均倍变化 - 可以是“记录”，“未记录”，“中位数”


参数：logged
Whether the input data is logged or not
输入的数据是否记录或不


Details

详情----------Details----------

Given an ExpressionSet object, generate quick stats for pairwise comparisons between a pair of experimental groups. If a.order and b.order are specified then a paired sample t-test will be conducted between the groups, with the arrays in each group sorted according to the ordering specified. By default, the function assumes that the expression values are logged (this can be changed with the parameter "logged"). The fold-changes are computed from the average values across replicates. Unless you specify otherwise, this is done using the mean of the unlogged values (i.e. logged data is first unlogged, the mean calculated, and the result re-logged). The parameter "method", allows the mean of the logged values or their median to be used instead. T-tests are always computed with the logged data.  
给予ExpressionSet对象，对实验组之间两两比较快速统计。 ，如果a.order和b.order然后指定将配对样本t检验各组之间进行，每组阵列根据订货指定排序。默认情况下，函数假定该表达式的值记录（这是可以改变参数“记录”）。从整个复制的平均值计算的fold change。除非你指定，否则，这样做是使用的未记录的值的平均值（即记录的数据首先是未记录，平均计算，结果重新登录）。参数“方法”，可以用来代替记录值的平均值或中位数。 t-检验记录的数据计算。


值----------Value----------

A Pairwise comparison object.
成对比较的对象。


作者（S）----------Author(s)----------


Crispin J Miller



参考文献----------References----------

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。