R语言 sigPathway包 writeSigPathway()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

writeSigPathway(sigPathway)
writeSigPathway()所属R语言包：sigPathway

                                        Write results of pathway analysis to HTML format
                                         通路分析结果写入到HTML格式

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Writes the table of top-ranked pathways and their associated probe set to HTML files.
写入表排名第一的途径及相关的探针设置为HTML文件。


用法----------Usage----------


writeSigPathway(spList, resDir = getwd(),
                outputDirName = "sigPathway_results",
                topIndexFileName = "TopPathwaysTable.html")
writeSP(rpDF, gpsList, parameterList = NULL, resDir = getwd(),
        outputDirName = "sigPathway_results",
        topIndexFileName = "TopPathwaysTable.html")



参数----------Arguments----------

参数：spList
a list containing the output from the runSigPathway function
runSigPathway函数输出一个列表，其中包含


参数：rpDF
a data frame of top-ranked pathways from rankPathways or rankPathways.NGSk
从世界排名第一的途径rankPathways或rankPathways.NGSk数据框


参数：gpsList
a list containing data frames of probes represented in gene sets from getPathwayStatistics or getPathwayStatistics.NGSk
代表基因探针的数据框包含列表设置getPathwayStatistics或getPathwayStatistics.NGSk


参数：parameterList
a list containing the values of parameters used in the analysis
一个列表，包含在分析中使用的参数值


参数：resDir
a character string specifying the file directory to write the results
一个字符串指定的文件目录写的结果


参数：outputDirName
a character string specifying the folder to write the results within resDir
一个字符串指定的文件夹中的结果写在resDir


参数：topIndexFileName
a character string specifying the name for the HTML file containing the table of top-ranked pathways
字符串指定的HTML文件包含了世界排名第一的途径表的名称


Details

详情----------Details----------

These functions export the results of the pathway analysis (e.g., runSigPathway) to several HTML files.  The user can then quickly browse through the files for genes of interest within the top-ranked genes.
这些函数导出的路径分析的结果（例如，runSigPathway）几个HTML文件。然后，用户可以快速浏览文件内排名第一的基因的基因利益。


值----------Value----------

None returned
没有返回


注意----------Note----------

This function only uses the output of runSigPathway to generate the HTML files.  Please see the help page of runSigPathway for example usage.  The writeSP function should be used for those who have taken calculated the pathway statistics separately as shown in the help file of calculate.NTk, calculate.NEk, and calculate.NGSk
此功能只使用runSigPathway生成的HTML文件的输出。用法示例，请参阅runSigPathway帮助页。 writeSP函数应该用于那些已计算的途径，作为单独统计数字显示在帮助文件calculate.NTk，calculate.NEk，calculate.NGSk


作者（S）----------Author(s)----------


Weil Lai

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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