R语言 sigPathway包 rankPathways.NGSk()函数中文帮助文档(中英文对照)

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rankPathways.NGSk(sigPathway)
rankPathways.NGSk()所属R语言包：sigPathway

                                        Summarizes Top Pathways from One of the Pathway Analyses
                                         总结热门预科的途径分析之一

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Summarizes top pathways from one of the pathway analyses (i.e., calculate.NTk, calculate.NEk, calculate.NGSk, or calculate.GSEA)
总结的途径分析之一（即calculate.NTk，calculate.NEk，calculate.NGSk或calculate.GSEA）从顶部的途径


用法----------Usage----------


rankPathways.NGSk(res.NGSk, G, gsList, methodName = "NGSk",
                  npath = 25)



参数----------Arguments----------

参数：res.NGSk
a list from the output of calculate.NGSk, calculate.NTk, calculate.NEk, or calculate.GSEA
从calculate.NGSk，calculate.NTk，calculate.NEk或calculate.GSEA输出列表


参数：G
a list containing the source, title, and probe sets associated with each curated pathway
列表包含源代码，标题和探针集相关联的每个策划途径


参数：gsList
a list containing three vectors from the output of the selectGeneSets function
一个列表，其中包含三个向量从selectGeneSets函数的输出，


参数：methodName
a character vector of length 1 giving the name of the pathway analysis used in making res.NGSk
一个长度为1的特征向量，使res.NGSk的途径分析使用的名称


参数：npath
an integer indicating the number of top gene sets to consider when ranking the top pathways
顶级基因数目的整数，指示设置要考虑居顶端途径时


Details

详情----------Details----------

This function ranks the statistics given in res.NGSk and summarizes the top gene sets in a tabular format similar to Table 2 in Tian et al. (2005)
此功能排在res.NGSk所给的统计数字，并总结在表格格式的顶级基因类似田等表2套。 （2005年）


值----------Value----------

A data frame showing the pathways' indices in G, gene set category, pathway title, set size, res.NGSk's statistics, the corresponding q-values, and the numerical ranks for the top gene sets.
一个数据框的途径“指数G，基因组类别，通路称号，集大小，res.NGSk的统计，相应的Q值，顶端基因组的数值行列。


注意----------Note----------

See the help page for calculate.NGSk for example code that
calculate.NGSk例如代码，请参阅帮助页面


作者（S）----------Author(s)----------


Lu Tian, Peter Park, and Weil Lai



参考文献----------References----------

P.J. (2005)  Discovering statistically significant pathways in expression profiling studies.  Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA, 102, 13544-9.

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