R语言 sigPathway包 getPathwayStatistics()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

getPathwayStatistics(sigPathway)
getPathwayStatistics()所属R语言包：sigPathway

                                        Give the statistics for the probe sets in a pathway
                                         给探针的统计信息的途径设置

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Gives the statistics for the probe sets associated with a pathway.
给出了一个途径，相关的探针设置的统计信息。


用法----------Usage----------


getPathwayStatistics(tab, phenotype, G, index, ngroups = 2,
                     statList = NULL, keepUnknownProbes = FALSE,
                     annotpkg = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：tab
a numeric matrix of expression values, with the rows and columns representing probe sets and sample arrays, respectively
数字矩阵表达式的值，代表探针台和样品阵列的行和列，分别为


参数：phenotype
a numeric (or character if ngroups >= 2) vector indicating the phenotype
一个数字（或字符，如果ngroups> = 2）向量表示的表型


参数：G
a list containing the source, title, and probe sets associated with each curated pathway
列表包含源代码，标题和探针集相关联的每个策划途径


参数：index
an integer vector specifying the pathway(s) to summarize in G
一个整数向量指定通路（S）总结G的


参数：ngroups
an integer indicating the number of groups in the expression matrix
一个整数，指示组在表达矩阵


参数：statList
a list containing results from calcTStatFast
列表包含从calcTStatFast结果


参数：keepUnknownProbes
a boolean indicating whether to keep the names of probe sets not represented in tab in the summary data frame
一个布尔值，指示是否保持探针的名字集并不代表选项卡中的汇总数据框


参数：annotpkg
a character vector specifying the name of the BioConductor annotation package to use to fetch accession numbers, Entrez Gene IDs, gene name, and gene symbols
指定的BioConductor注释包的名称，使用获取加入号码，Entrez基因标识，基因名称，基因符号字符向量


Details

详情----------Details----------

This function gives the mean, standard deviation, and test statistic for each probe in the pathway as indicated in G[[index]].
此功能提供在通路的平均值，标准偏差，每个探针和测试统计，在G[[index]]表示。


值----------Value----------

A list containing data frames (1 per pathway) with the probes' name, mean, standard deviation, the test statistic (e.g., t-test), and the corresponding unadjusted p-value.
一个列表，其中包含数据框（1）每通路与探针的名字，意思是，标准差，检验统计量（例如，T-测试），以及相应的未经调整的p值。

If ngroups = 1, the Pearson correlation coefficient is also returned.
如果ngroups= 1，Pearson相关系数也返回。

If a valid annotpkg is specified, the probes' accession numbers, Entrez Gene IDs, gene name, and gene symbols are also returned.  This option only works if the probes in the gene set list G are manufacturer IDs corresponding to those used in making the BioConductor annotation package.
如果一个有效的annotpkg指定的探针加入号码，Entrez基因标识，基因名称，基因符号也回来了。此选项只有当探针在基因组“列表中的G制造商标识相应使BioConductor注解包所用的。


注意----------Note----------

See the help page of calculate.NTk or calculate.NEk
请参阅帮助页面，的calculate.NTk或calculate.NEk的


作者（S）----------Author(s)----------


Weil Lai

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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