R语言 sigPathway包 calcTNullFast()函数中文帮助文档(中英文对照)

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calcTNullFast(sigPathway)
calcTNullFast()所属R语言包：sigPathway

                                        Compute Null T Distribution for Each Gene
                                         计算每个基因的空t分布

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Computes a null t distribution for each gene by permuting the phenotypes.
为每一个基因的空t分布计算置换的表型。


用法----------Usage----------


calcTNullFast(tab, phenotype, nsim, ngroups = 2, allphenotypes = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：tab
a numeric matrix of expression values, with the rows and columns representing probe sets and sample arrays, respectively
数字矩阵表达式的值，代表探针台和样品阵列的行和列，分别为


参数：phenotype
a numeric (or character if ngroups >= 2) vector indicating the phenotype
一个数字（或字符，如果ngroups> = 2）向量表示的表型


参数：nsim
an integer indicating the number of permutations to use
一个整数，指示的使用数量排列


参数：ngroups
an integer indicating the number of groups in the expression matrix
一个整数，指示组在表达矩阵


参数：allphenotypes
a boolean indicating whether the function should consider all possible permutations of the phenotype, including the original, non-permuted phenotype
一个布尔值，指示函数是否应该考虑所有可能的排列的表型，包括原始的，非置换型


Details

详情----------Details----------

Similar to calcTStatFast but calculates t-statistics over permuted phenotypes.  If allphenotypes == FALSE, then any permutation that has a permuted phenotype equal to the original phenotype will be repermuted.  For example, all the possible permutations for phenotype == c(0,0,1,1) are c(0,0,1,1), c(0,1,0,1), c(1,0,1,0), c(1,0,0,1), c(0,1,1,0), and c(1,1,0,0).  If allphenotypes ==     FALSE, then the results will not include values from the c(0,0,1,1) case.
类似calcTStatFast但计算t-统计量超过置换的表型。如果allphenotypes == FALSE，那么任何置换，有一个置换型，等于原始型将repermuted。例如，所有的phenotype == c(0,0,1,1)是c(0,0,1,1)，c(0,1,0,1)，c(1,0,1,0)，c(1,0,0,1)，c(0,1,1,0)，c(1,1,0,0)可能的排列 。如果allphenotypes ==     FALSE的，那么结果将不会包括从c(0,0,1,1)情况值。

The help file of calcTStatFast has more details on the different statistics one can calculate based on the value specified for ngroups.
帮助文件的calcTStatFast有不同的统计资料，可以计算根据ngroups指定的值的详细信息。


值----------Value----------

A matrix with nsim rows and nrow(tab) columns.
nsim行nrow(tab)列矩阵。


作者（S）----------Author(s)----------


Weil Lai

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注：
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