R语言 siggenes包 z.ebam()函数中文帮助文档(中英文对照)

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z.ebam(siggenes)
z.ebam()所属R语言包：siggenes

                                        EBAM analysis Using t- or F-test
                                         EBAM分析使用的T或F-检验

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Computes the required statistics for an Empirical Bayes Analysis with a modified t- or F-test.
计算修改后的T-或F-检验的经验Bayes分析所需的统计资料。

Should not be called directly, but via  ebam(..., method = z.ebam) or find.a0(..., method = z.find), respectively.
不应直接，但通过ebam(..., method = z.ebam)或find.a0(..., method = z.find)，分别被称为。


用法----------Usage----------


  z.ebam(data, cl, a0 = NULL, quan.a0 = NULL, B = 100, var.equal = FALSE,
      B.more = 0.1, B.max = 30000, n.subset = 10, fast = FALSE,
      n.interval = 139, df.ratio = NULL, rand = NA)
  
  z.find(data, cl, B = 100, var.equal = FALSE, B.more = 0.1,
      B.max = 30000)



参数----------Arguments----------

参数：data
a matrix, data frame or ExpressionSet object. Each row of data (or exprs(data)) must correspond to a variable (e.g., a gene), and each column to a sample (i.e.\ observation).
矩阵，数据框架或ExpressionSet的对象。 data（exprs(data)）的每一行必须对应一个变量（例如，一个基因），每个样品的列（即\观察）。


参数：cl
a numeric vector of length ncol(data) containing the class labels of the samples. For details on how cl should be specified,  see ebam.
一个长度为数字向量ncol(data)样品含有类的标签。如何cl应指定的详细信息，请参阅ebam。


参数：a0
a numeric value specifying the fudge factor.
一个数值指定蒙混因素。


参数：quan.a0
a numeric value between 0 and 1 specifying the quantile of the standard deviations of the genes that is used as fudge factor.
0和1之间的数值，指定分量的标准差蒙混因素的基因。


参数：B
an integer indicating how many permutations should be used in the estimation of the null distribution.
应使用一个整数，表示多少排列，空分布的估计。


参数：var.equal
should the ordinary t-statistic assuming equal group variances be computed? If FALSE (default), Welch's t-statistic will be computed.
普通的t-统计假设等于组差异计算？如果FALSE（默认），韦尔奇的t-统计量来计算。


参数：B.more
a numeric value. If the number of all possible permutations is smaller than or equal to (1+B.more)*B, full permutation will be done.  Otherwise, B permutations are used. This avoids that B permutations will be used – and not all permutations – if the number of all possible  permutations is just a little larger than B.
一个数值。如果所有可能的排列数小于或等于（1 +B.more）*B，全置换将完成。否则，使用B排列。这就避免了B排列将使用 - 而不是所有的排列组合 - 如果所有可能的排列数量只是一个小比B。


参数：B.max
a numeric value. If the number of all possible permutations is smaller than or equal to B.max, B randomly selected permutations will be used in the computation of the null distribution. Otherwise, B random draws of the group labels are used. In the latter way of permuting, it is possible that some of the permutations are used more than once.
一个数值。如果所有可能的排列数小于或等于B.max的，B随机选择的排列将在空分布的计算。否则，B随机组标签提请使用。在后者置换的方式，它是可能的排列使用一次以上。


参数：n.subset
an integer specifying in how many subsets the B permutations should be split when computing the permuted test scores. Note that the meaning of n.subset differs between the SAM and the EBAM functions.
一个整数，指定在多少子集B排列时，应分别计算置换的测试成绩。注意n.subset意义不同之间的SAM和EBAM的功能。


参数：fast
if FALSE the exact number of permuted test scores that are more extreme than a particular observed test score is computed for each of the genes. If TRUE, a crude estimate of this number is used.
如果FALSE置换的测试成绩是超过一个特定的观察测试得分的极端的确切数目计算每个基因。如果TRUE，用于粗略估计这个数字。


参数：n.interval
the number of intervals used in the logistic regression with repeated observations for estimating the ratio f0/f.
logistic回归估计比例f0/f用反复观察的间隔数。


参数：df.ratio
integer specifying the degrees of freedom of the natural cubic spline used in the logistic regression with repeated observations.
整数，指定立方米用于在反复观察的logistic回归自然样条的自由程度。


参数：rand
integer. If specified, i.e. not NA, the random number generator will be set into a reproducible state.
整数。如果指定，即不NA，随机数发生器将被设置成一个可重复的状态。


值----------Value----------

A list of object required by find.a0 or ebam, respectively.
find.a0或ebam，分别需要的对象名单。


作者（S）----------Author(s)----------


Holger Schwender, <a href="mailto:holger.schw@gmx.de">holger.schw@gmx.de</a>



参考文献----------References----------

Empirical Bayes Analysis of a Microarray Experiment, JASA,  96, 1151-1160.
the Empirical Bayes and the Significance Analysis of Microarrays. Technical Report, SFB 475, University of Dortmund, Germany.

参见----------See Also----------

ebam, find.a0, d.stat
ebam，find.a0，d.stat

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