samControl(siggenes)
samControl()所属R语言包：siggenes
Further SAM Arguments
进一步的SAM参数
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Specifies most of the optional arguments of sam.
指定sam最可选参数。
用法----------Usage----------
samControl(delta = NULL, n.delta = 10, p0 = NA, lambda = seq(0, 0.95, 0.05),
ncs.value = "max", ncs.weights = NULL, q.version = 1)
参数----------Arguments----------
参数：delta
a numeric vector specifying a set of values for the threshold Delta that should be used. If NULL, n.delta Delta values will be computed automatically.
一个数值向量指定的阈值的一组值Delta应该使用。如果NULL，n.deltaDelta值将被自动计算。
参数：n.delta
a numeric value specifying the number of Delta values that will be computed over the range of all possible values for Delta if delta is not specified.
的数值指定Delta在所有可能的值范围内，将计算值的数量Delta如果delta未指定。
参数：p0
a numeric value specifying the prior probability pi0 that a gene is not differentially expressed. If NA, p0 will be computed by the function pi0.est.
数值指定先验概率pi0，没有差异表达的基因。如果NA，p0将计算功能pi0.est。
参数：lambda
a numeric vector or value specifying the lambda values used in the estimation of the prior probability. For details, see pi0.est.
数字矢量值，该值指定lambda的值在先验概率的估计。有关详细信息，请参阅pi0.est。
参数：ncs.value
a character string. Only used if lambda is a vector. Either "max" or "paper". For details, see pi0.est.
一个字符串。只使用lambda是一个向量。要么"max"或"paper"。有关详细信息，请参阅pi0.est。
参数：ncs.weights
a numerical vector of the same length as lambda containing the weights used in the estimation of pi0. By default no weights are used. For details, see ?pi0.est.
数值向量的长度相同lambda包含在pi0估计使用的重量。默认情况下不使用权重。有关详细信息，请参阅?pi0.est。
参数：q.version
a numeric value indicating which version of the q-value should be computed. If q.version = 2, the original version of the q-value, i.e. min{pFDR}, will be computed. If q.version = 1, min{FDR} will be used in the calculation of the q-value. Otherwise, the q-value is not computed. For details, see qvalue.cal.
应表明哪个版本的Q值的数值计算。如果q.version = 2，将计算Q值，即分钟{pFDR}的原始版本。如果q.version = 1，分钟{FDR}将被用于计算Q值。否则，Q值是无法计算。有关详细信息，请参阅qvalue.cal。
Details
详情----------Details----------
These parameters should only be changed if they are fully understood.
这些参数只应改变，如果他们有充分的了解。
值----------Value----------
A list containing the values of the parameters that are used in sam.
一个列表，其中包含的是在sam使用的参数值。
作者（S）----------Author(s)----------
Holger Schwender, <a href="mailto:holger.schwender@udo.edu">holger.schwender@udo.edu</a>
参考文献----------References----------
RNews, 6(5), 45-50.
Studies. Proceedings of the National Academy of Sciences, 100, 9440-9445.
applied to the ionizing radiation response. PNAS, 98, 5116-5121.
参见----------See Also----------
limma2sam, sam
limma2sam，sam
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发表于 2012-2-26 14:15:17
