R语言 siggenes包 qvalue.cal()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

qvalue.cal(siggenes)
qvalue.cal()所属R语言包：siggenes

                                        Computation of the q-value
                                         Q值的计算

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Computes the q-values of a given set of p-values.
计算一个给定的P-值的Q值。


用法----------Usage----------


  qvalue.cal(p, p0, version = 1)



参数----------Arguments----------

参数：p
a numeric vector containing the p-values.
数字向量p值。


参数：p0
a numeric value specifying the prior probability that a gene is not differentially expressed.
一个数值指定先验概率，没有差异表达的基因。


参数：version
If version=2, the original version of the q-value, i.e. min{pFDR}, will be computed. if version=1, min{FDR} will be used in the computation of the q-value.
如果version=2，将计算Q值，即分钟{pFDR}的原始版本。如果version=1，分钟{FDR}将被用来计算Q值。


Details

详情----------Details----------

Using version = 1 in qvalue.cal corresponds to setting robust = FALSE in the function qvalue of John Storey's R package qvalue, while version = 2 corresponds to robust = TRUE.
使用version = 1qvalue.cal对应来设置robust = FALSE函数qvalue约翰层的R包qvalue，而version = 2对应<X >


值----------Value----------

A vector of the same length as p containing the q-values corresponding to the p-values in p.
长度相同的向量pQ-pp值对应的值。


作者（S）----------Author(s)----------


Holger Schwender, <a href="mailto:holger.schw@gmx.de">holger.schw@gmx.de</a>



参考文献----------References----------

Interpretation and the q-value. Annals of Statistics, 31, 2013-2035.
Genome-wide Studies. PNAS, 100, 9440-9445.

参见----------See Also----------

pi0.est,SAM-class,sam
pi0.est，SAM-class，sam


举例----------Examples----------


  # Load the package multtest and the data of Golub et al. (1999)[加载的的包multtest和Golub等数据。 （1999）]
  # contained in multtest.[载在multtest。]
  library(multtest)
  data(golub)

  # Perform a SAM analysis.[执行SAM的分析。]
  sam.out<-sam(golub, golub.cl, B=100, rand=123)

  # Estimate the prior probability that a gene is not significant.[估计先验概率，一个基因是不显着。]
  pi0 <- pi0.est(sam.out@p.value)$p0
  
  # Compute the q-values of the genes.[计算基因的Q值。]
  q.value <- qvalue.cal(sam.out@p.value, pi0)


转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。