pi0.est(siggenes)
pi0.est()所属R语言包：siggenes
Estimation of the prior probability
先验概率的估计
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Estimates the prior probability that a gene is not differentially expressed by the natural cubic splines based method of Storey and Tibshirani (2003).
估计先验概率，不根据楼层和Tibshirani（2003）的方法，自然三次样条差异表达的基因。
用法----------Usage----------
pi0.est(p, lambda = seq(0, 0.95, 0.05), ncs.value = "max",
ncs.weights = NULL)
参数----------Arguments----------
参数：p
a numeric vector containing the p-values of the genes.
数字向量的基因p值。
参数：lambda
a numeric vector or value specifying the lambda values used in the estimation of the prior probability.
数字矢量值，该值指定lambda的值在先验概率的估计。
参数：ncs.value
a character string. Only used if lambda is a vector. Either "max" or "paper". For details, see Details.
一个字符串。只使用lambda是一个向量。要么"max"或"paper"。有关详细信息，请参阅Details。
参数：ncs.weights
a numerical vector of the same length as lambda containing the weights used in the natural cubic spline fit. By default no weights are used.
数值向量的长度相同lambda包含在自然三次样条拟合所用的权数。默认情况下不使用权重。
Details
详情----------Details----------
For each value of lambda, pi0(lambda) is computed by the number of p-values p larger than lambda divided by (1-lambda)\m, where m is the length of p.
对于每个值lambda，pi0(lambda)计算p值p比lambda分(1-lambda)\m，其中m是p的长度。
If lambda is a value, pi0(lambda) is the estimate for the prior probabiltity pi0 that a gene is not differentially expressed.
如果lambda是一个值，pi0(lambda)是前probabiltity的估计pi0，没有差异表达的基因。
If lambda is a vector, a natural cubic spline h with 3 degrees of freedom is fitted through the data points (lambda,pi0(lambda)), where each point is weighed by ncs.weights. pi0 is estimated by h(v), where v=max{lambda} if ncs.value="max", and v=1 if ncs.value="paper".
如果lambda是一个矢量，一个自然的三次样条h3自由度是通过数据分装(lambda,pi0(lambda))，其中每个点由ncs.weights权衡。 pi0估计h(v)，其中v=max{lambda}如果ncs.value="max"，v=1如果ncs.value="paper"。
值----------Value----------
参数：p0
the estimate of the prior probability that a gene is not differentially expressed.
先验概率的估计，没有差异表达的基因。
参数：spline.out
the output of smooth.spline used in this function.
输出smooth.spline使用此功能。
作者（S）----------Author(s)----------
Holger Schwender, <a href="mailto:holger.schw@gmx.de">holger.schw@gmx.de</a>
参考文献----------References----------
Genome-wide Studies. PNAS, 100, 9440-9445.
参见----------See Also----------
SAM-class,sam,qvalue.cal
SAM-class，sam，qvalue.cal
举例----------Examples----------
# Load the package multtest and the data of Golub et al. (1999)[加载的的包multtest和Golub等数据。 （1999）]
# contained in multtest.[载在multtest。]
library(multtest)
data(golub)
# Perform a SAM analysis.[执行SAM的分析。]
sam.out<-sam(golub, golub.cl, B=100, rand=123)
# Estimate the prior probability that a gene is not significant[一个基因是不显着，估计先验概率]
pi0.est(sam.out@p.value)
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发表于 2012-2-26 14:13:58
