R语言 siggenes包 list.siggenes()函数中文帮助文档(中英文对照)

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list.siggenes(siggenes)
list.siggenes()所属R语言包：siggenes

                                        List of the significant genes
                                         的重要基因名单

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Lists the genes called differentially expressed by the SAM or the EBAM analysis for a specified value of the threshold Delta.
列出由SAM或EBAM的分析差异表达的基因称为指定值的阈值Delta。


用法----------Usage----------


  list.siggenes(object, delta, file = "", gene.names = NULL, order = TRUE,
  text = NULL, append = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：object
either a SAM- or an EBAM-object.
无论是SAM或一个EBAM对象。


参数：delta
a numeric value specifying the threshold Delta in the SAM or EBAM analysis. Note that the meaning of Delta differs between SAM and EBAM: In SAM, it is a strictly positive value, whereas in EBAM it is a probability.
指定的阈值数值Delta的SAM或EBAM分析的。请注意，的Delta意义不同的SAM和EBAM：在SAM中，它是一个严格意义上的积极价值，而在EBAM它是一个概率。


参数：file
a character string naming a file in which the output is stored. If "", the significant genes will be shown in the console.
一个字符串，命名输出存储在其中的文件。如果""，显着的基因将被显示在控制台。


参数：gene.names
a character vector containing the names of the genes. Needs only to be specified, if the gene names were not specified in sam or ebam, respectively.
字符向量的基因的名称。需要指定，基因名称，如果没有在sam或ebam，分别指定。


参数：order
if TRUE, the gene names will be ordered by their  "significance".
如果TRUE，该基因的名称将其“意义”的有序。


参数：text
a character string specifying the heading of the gene list. By default, the header specifies the type of analysis and the used value of Delta. To avoid a header, set text = "".
一个字符串指定的基因列表的标题。默认情况下，头指定类型的分析和使用Delta值。为了避免一个头，设置text = ""。


参数：append
If TRUE, the output will be appended to file. If FALSE, any existing file having the name file will be destroyed.
如果TRUE，输出将被附加到file。如果FALSE，任何现有的文件名file将被破坏。


值----------Value----------

A list of significant genes either shown in the console or stored in a file.
的重大基因名单显示在控制台上或存储在一个文件中。


作者（S）----------Author(s)----------


Holger Schwender, <a href="mailto:holger.schw@gmx.de">holger.schw@gmx.de</a>



参见----------See Also----------

sam, ebam
sam，ebam


举例----------Examples----------


  # Load the package multtest and the data of Golub et al. (1999)[加载的的包multtest和Golub等数据。 （1999）]
  # contained in \pkg{multtest}.[载\ PKG {multtest}。]
  library(multtest)
  data(golub)

  # Perform a SAM analysis.[执行SAM的分析。]
  sam.out<-sam(golub, golub.cl, B=100, rand=123)
  
  # List the genes called significant by SAM using Delta = 3.1.[列出的基因称为Delta= 3.1由SAM具有重要意义。]
  list.siggenes(sam.out, 3.1, gene.names=golub.gnames[,2])


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