R语言 siggenes包 delta.plot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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delta.plot(siggenes)
delta.plot()所属R语言包：siggenes

                                        Delta Plots
                                         Delta图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generates both a plot of Delta vs. the FDR and a plot of  Delta vs.\ the number of identified genes in a SAM analysis.
同时生成图Delta - FDR和图Delta -  \在SAM分析发现的基因数量。


用法----------Usage----------


  delta.plot(object, delta = NULL, helplines = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：object
a object of class SAM.
一类的SAM对象。


参数：delta
a vector of values for Delta. If NULL, a default set of Delta values will be used.
Delta值的向量。如果NULL，Delta值设置将使用默认值。


参数：helplines
if TRUE, help lines will be drawn in the Delta plots.
如果TRUE，帮助线将绘制在Delta图。


Details

详情----------Details----------

The Delta plots are a visualization of the table generated by sam that contains the estimated FDR and the number of identified genes for a set of Delta values.
Delta图了sam，包含估计FDR和Delta值的数量确定的基因产生的表中的可视化。


值----------Value----------

Two plots in one graphsheet: The plot of Delta vs. FDR and the plot of Delta vs. the number of identified genes.
两图一个graphsheet：Delta与FDR的图和图Delta对发现的基因数量。


作者（S）----------Author(s)----------


Holger Schwender, <a href="mailto:holger.schw@gmx.de">holger.schw@gmx.de</a>



参考文献----------References----------

Microarrays Applied to the Ionizing Radiation Response. PNAS, 98, 5116-5121.

参见----------See Also----------

SAM-class,sam
SAM-class，sam


举例----------Examples----------


  # Load the package multtest and the data of Golub et al. (1999)[加载的的包multtest和Golub等数据。 （1999）]
  # contained in multtest.[载在multtest。]
  library(multtest)
  data(golub)

  # Perform a SAM analysis.[执行SAM的分析。]
  sam.out<-sam(golub, golub.cl, B=100, rand=123)
  
  # Generate the Delta plots for the default set of Deltas computed by sam.[由Sam计算Delta的默认设置生成的Delta图。]
  delta.plot(sam.out)
  
  # Another way of generating the same plot.[另一种方式产生同样的图。]
  plot(sam.out)

  # Generate the Delta plots for Delta = 0.2, 0.4, ..., 2.[生成Delta= 0.2，0.4，...，2Delta图。]
  plot(sam.out, seq(0.2, 2, 0.2))


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