R语言 ShortRead包 tables()函数中文帮助文档(中英文对照)

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tables(ShortRead)
tables()所属R语言包：ShortRead

                                        Summarize XStringSet read frequencies
                                         总结XStringSet读频率

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This generic summarizes the number of times each sequence occurs in an XStringSet instance.
这个通用的总结每个序列XStringSet实例发生的次数。


用法----------Usage----------


tables(x, n=50, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
An object for which a tables method is defined.
tables方法定义的对象。


参数：n
An integer(1) value determining how many named sequences will be present in the top portion of the return value.
integer(1)值决定命名序列将是多少返回值部分top。


参数：...
Additional arguments available to methods
方法提供额外的参数


Details

详情----------Details----------

Methods of this generic summarize the frequency with which each read occurs, There are two components to the summary. The reads are reported from most common to least common; typically a method parameter controls how many reads to report. Methods also return a pair of vectors describing how many reads were represented 1, 2, ... times.
总结每个读发生的频率这个通用的方法，总结有两个组成部分。读取报道，从最常见的最常见的，通常的方法参数控制多少读报告。方法也返回一个描述多少读取派代表出席了一，二，向量的对...倍。

The following methods are defined, in addition to methods described in class-specific documentation:
下面的方法定义，除了类特定的文件中所描述的方法：




tables signature(x= "XStringSet", n = 50):
表signature(x= "XStringSet", n = 50)：


值----------Value----------

A list of length two.
一个长度为2的列表。


参数：top
A named integer vector. Names correspond to sequences. Values are the number of times the corresponding sequence occurs in the XStringSet. The vector is sorted in decreasing order; methods typically include a parameter specifying the number of sequences to return.
命名整数向量。名称对应序列。值是相应的序列XStringSet发生的次数。矢量递减顺序进行排序;方法通常包括一个参数指定返回序列的数目。


参数：distribution
a data.frame with two columns. nOccurrences is the number of times any particular sequence is represented in the set (1, 2, ...). nReads is the number of reads with the corresponding occurrence.
data.frame两列。 nOccurrences是集（1，2，...）代表任何特定的顺序的时间数量。 nReads是发生相应的读取次数。


作者（S）----------Author(s)----------


Martin Morgan <mtmorgan@fhcrc.org>



举例----------Examples----------


showMethods("tables")
sp <- SolexaPath(system.file("extdata", package="ShortRead"))
aln <- readAligned(sp)
tables(sread(aln), n=6)
xyplot(log10(nReads)~log10(nOccurrences),
       tables(sread(aln))$distribution)

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