readQseq(ShortRead)
readQseq()所属R语言包：ShortRead
Read Solexa qseq files as fastq-style quality scores
公司Solexa qseq文件阅读作为fastq式的质量分数
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
readQseq reads all files matching pattern in a directory into a single ShortReadQ-class object. Information on machine, lane, tile, x, and y coordinates, filtering status, and read number are not returned (although filtering status can be used to selectively include reads as described below).
readQseq读取所有文件匹配pattern成一个单一的ShortReadQ类对象的目录。不归还机，车道，瓷砖，X，Y坐标，过滤状态，并宣读数量信息（虽然过滤状态可以用于选择性地包括内容如下所述）。
用法----------Usage----------
readQseq(dirPath, pattern = character(0), ...,
as=c("ShortReadQ", "DataFrame", "XDataFrame"),
filtered=FALSE,
verbose=FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：dirPath
Directory path or other object (e.g., SolexaPath) for which methods are defined.
目录路径，或其他对象（例如，SolexaPath）方法被定义。
参数：pattern
Regular expression matching names of _qseq files to be summarized.
正则表达式匹配_qseq文件的名称来概括。
参数：...
Additional argument, passed to I/O functions.
额外的参数，通过I / O功能。
参数：as
character(1) indicating the class of the return type. “XDataFrame” is included for backward compatibility, but is no longer supported.
character(1)表示返回类型的类。 “XDataFrame”是为了向后兼容，但不再支持。
参数：filtered
logical(1) indicating whether to include only those reads passing Solexa filtering?
logical(1)指示是否只包括那些读通过公司Solexa过滤？
参数：verbose
logical(1) indicating whether to report on progress during evaluation.
logical(1)指示是否在评价工作的进展报告。
值----------Value----------
An object of class ShortReadQ.
对象类ShortReadQ。
作者（S）----------Author(s)----------
Martin Morgan <mtmorgan@fhcrc.org>
举例----------Examples----------
fl <- system.file("extdata", package="ShortRead")
sp <- SolexaPath(fl)
readQseq(sp)
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 14:06:29
